丘成桐中学科学奖于2013年正式设立，下设
丘成桐中学数学奖和丘成桐中学物理奖。2022年首次入选教育部2022-2025学年面向中小学生的全国性竞赛活动白名单。
自2012年起，清华“拔尖计划”便面向丘成桐中学数学奖获奖学生，金银铜奖学生可直接获得学科专业面试机会，优胜奖学生还可参加
自主招生笔试。2014年起，清华大学为“丘成桐中学物理奖”的获奖学生，提供入选清华“拔尖计划”的机会。获得“丘成桐中学物理奖”的学生，通过“拔尖计划”笔试后，获得自主招生资格认定，高考录取中，将享受最高降至一本线的录取优惠。
2022丘成桐中学科学奖总决赛12月11日顺利落幕。经过为期一天半的激烈角逐，来自全球的83支参赛团队共决出数学、物理、化学、生物、计算机、经济金融建模奖6个学科的金、银、铜奖和优胜奖，以及跨学科的最高奖项——科学金奖共计61项奖项。深圳国际交流学院的吴虹舟揽获科学金奖和数学金奖，来自北大附中、人大附中、北京一零一中学、深圳国际交流学院的4支参赛团队分别获得物理、化学、计算机和经济金融建模金奖。本届丘成桐中学科学奖由清华大学主办，清华大学丘成桐数学科学中心承办。
2023年12月3日，2023丘成桐中学科学奖最终结果在清华大学揭晓，共评选出数学、物理、化学、生物、计算机、经济金融建模6个学科的金、银、铜、优胜奖，以及跨学科最高奖项——科学金奖，共计61个奖项。本届金奖获得者中超半数来自上海的中学。其中，2023丘成桐中学科学奖最高奖项——科学金奖得主有两位，分别为来自上海中学的晁楚言和来自新加坡莱佛士书院（Raffles Institution）的Yu Hanzhang。同时，晁楚言还是本届生物金奖的获得者，Yu Hanzhang则同时是本届数学金奖的获得者。另外，本届化学金奖的获得者为来自上海宋庆龄学校的樊泓萱、郑好，计算机金奖的获得者为来自上海市民办平和学校的吴可越；经济金融建模金奖的获得者为来自北京市十一学校的吴蕊杉。
2023年12月，来自海内外的89支中学生团队参赛的2023丘成桐中学科学奖总决赛在清华大学落下帷幕，本届总决赛沿用答辩方式，通过指导教师介绍指导情况、参赛团队介绍研究内容、评委问答三个环节，综合考察参赛学生对基础科学知识的掌握程度、团队协作以及独立研究的能力。中国科学院院士黄乃正、唐本忠、胡事民、邵峰，英国威尔士科学院院士拉尔夫·马丁等近40位国内外知名科学家担任评委。20余所国内中学校领导代表、十余位国内外院士和顶尖学者等嘉宾出席颁奖典礼。
2024丘成桐中学科学奖内地赛区报名将于2024年7月31日24:00截止。大赛总决赛6科单项奖均设金奖1个、银奖1个、铜奖3个、优胜奖5个，另设1个最高奖——科学金奖。
来自海内外的81支中学生团队共决出61项大奖，涵盖数学、物理、化学、生物、计算机、经济金融建模六大领域。跨学科最高奖项——科学金奖，由生物金奖得主、北京师范大学附属实验中学的刘广羽一举摘得。此外，来自北京一零一中学、南京外国语学校等5所中学参赛团队分别斩获各学科金奖。