东净寺位于花莲市五权街上，附近还有更生日报总社相临，过去的五权街正好就在花莲车站不远处，属于相当繁华的地区，后来由于北回铁路的开通，花莲车站搬国联一带，过去的黑金通一带就渐渐的没落下来了。
有关东净寺的由来据资料记载早在日本人入据花莲初期，当时的盐水港制糖株式会社社长荒井泰次，发宏愿在花莲兴建寺院，乃于明治45年(1912年)，礼聘台北临济护国禅寺住持，日僧梅山玄秀禅师为开山师，驻花莲筹建佛寺。经过多年布教及努力以及荒井泰次的努力下，大正8年(1920年)3月在花岗山落成一座佛寺，称为大树山东台寺。
昭和7年，于今日进丰街兴建有一斋堂，称作玉莲寺。(此旧址为今圣天宫)
台湾光复时，玉莲寺由张六妹接管花岗山的东台寺及净光寺，而在彼时原来玉莲寺部分庙地也被占用，于是将玉莲寺所有法器、经书都搬到花岗山的佛寺。民国36年正式合并成一寺，定名为东净寺，属曹洞宗月眉山灵泉寺支派。
在此之前，普钦和尚已于34年接任住持，一方面积极整修寺庙，一方面广施法外，并于民国36年花莲佛教支会成立的同时，被推选为首届理事长，1949年因随缘行外， 云游四海，将住持一职交给同门普信士接任。
1951年10月22日 花莲大地震，原东台寺毁于震灾，修宽尼师及修悟尼师四方化缘，筹备重建，获得地方信徒林明德等的协助，前任住持普钦法师赶来协助，不但恢复旧观，且较以往宏伟，接着再建灵光塔一座，1963年落成。