东南大学生物科学与医学工程学院是东南大学下设的二级学院。

1983年5月，生物医学电子学研究室在南京工学院正式成立。

1984年9月，创建生物医学工程系。

1985年，设立生物医学工程与仪器专业，并与当年9月招收第一届本科生。

1985年，创建分子与生物分子电子学实验室。

1986年，在中国国内率先设立“生物电子学”二级学科，承接联合国开发计划署援助的医学成像研究项目。

1987年9月，南京工学院、南京医学院成立两校合作委员会，下设两校合作中心。

1988年，设立生物医学工程、临床医学双学位班，建立医学影像技术研究中心。

1992年，分子与生物分子电子学实验室被授名“吴健雄实验室”。

1993年，设立生物电子学博士点。

1994年，生物电子学被评为江苏省重点学科。8月，更名为生物科学与医学工程系。

1997年，生物医学工程被评为国家一级学科博士点。

1998年，获准设立生物医学工程博士后流动站。

1999年，“吴健雄实验室”升格为分子与生物分子电子学教育部重点实验室。

2000年，创设七年制生物医学工程本硕连读专业。

2002年，生物医学工程学科被评为国家重点学科，成立东南大学学习科学研究中心。

2004年，获批建设江苏省生物材料与器件重点实验室。

2005年，生物医学工程博士后流动站被评为国家优秀博士后流动站，生物电子学国家重点实验室获批建设

2006年8月，撤系成立生物科学与医学工程学院。

2011年，设立生物医学工程、信息与系统生物学、医学与生物物理学等3个系，增设生物信息技术专业并在当年正式招生。

2012年11月，建成东南大学深圳华大基因研究院国家级工程实践教育中心。

2015年，生物医学工程国家级实验教学示范中心获批建设。

2016年，成立江苏省产业技术研究院生物材料与医疗器械研究所。

2017年5月，学习科学研究中心正式并入学院，增设脑与学习科学系，中国认知科学学会神经教育学分会成立，成立东南大学苏州医疗器械研究院，成立东南大学-艾伦国际联合研究中心。

截至2020年7月，学院设生物医学工程、生物信息学、脑与学习科学、智能医学工程等4个系，开设生物医学工程（7年制）、生物信息学、智能医学工程等3个本科专业，及生物医学工程本硕连读专业，其中生物医学工程、生物信息学按信息电子大类招生。

截至2020年7月，学院有专任教师近130人，其中工程院院士1人，特聘专家7人，国家杰出青年基金获得者6人，江苏省特聘教授1人；教授46人，副教授49人；博士生导师53人、硕士生导师73人；90%以上教师具有海外留学背景。多名教授分别在中国工程院信息学部、国家重大科学计划以及“863”主题专家组等国家级学术机构或专家组中担任重要职务。

专职院士：韦钰（中国工程院院士）

全国模范教师：陆祖宏

国家杰出青年基金获得者：顾忠泽、徐春祥等

截至2020年7月，学院有1个国家特色专业建设点，1个国家级实验教学示范中心，1个国家工程实践教育中心，1个国家人才培养模式创新实验区，1个江苏省品牌专业。

国家人才培养模式创新实验区：基于神经教育学的生物医学工程人才培养模式创新实验区

国家特色专业建设点：生物医学工程

国家工程实践教育中心：华大-东大国家级工程实践教育中心

江苏省品牌专业：生物医学工程

截至2020年7月，学院获得2001年江苏省高等教育教学成果一等奖1项。

截至2020年7月，学院有博士后科研流动站1个，一级学科博士点1个，自主设置二级学科博士点7个，一级学科硕士点1个，自主设置二级学科硕士点1个，国家级重点学科1个，国家“双一流”学科1个，生物医学工程在2007、2012年的生物医学工程学科全国评估中排名第一，2017年学科评估为A+。

博士后科研流动站：生物医学工程

一级学科博士点：生物医学工程

自主设置二级学科博士点：神经信息工程、生物信息技术、医学影像与医学电子学、生物医学纳米技术、生物医学材料与器件等

一级学科硕士点：生物医学工程

自主设置二级学科硕士点：神经信息工程

国家级重点学科：生物医学工程

国家“双一流”学科：生物医学工程

截至2020年7月，学院有1个国家重点实验室、1个国家“111学科创新引智基地”，1个教育部重点实验室，以及1个省级重点实验室、2个省级产业技术研究（院）所，有国家自然基金创新群体1个。

国家重点实验室：生物电子学国家重点实验室，

国家“111学科创新引智基地”：器官芯片学科创新国家111引智基地

教育部重点实验室：儿童发展与学习科学教育部重点实验室

江苏省级重点实验室：江苏省生物材料与器件重点实验室

其他科研平台：东南大学艾伦国际联合研究中心、医学电子学实验室、生物医学信号与图像处理实验室、生物力学实验室、生物表界面实验室、东南大学苏州医疗器械产业技术研究院、江苏省产业技术研究院生物材料与医疗器械研究所、苏州市生物医用材料与技术重点实验室、苏州市环境与生物安全重点实验室、无锡市生物芯片重点实验室等

截至2020年7月，学院近五年来，主持和承担包括国家重大科学研究计划（973）在内的国家和省部级科研项目200余项，获科研经费3亿余元，横向科研项目80余项，经费2000余万元；发表SCI等收录论文近1000篇，授权专利160余项。获国家或省部级自然科学或科技进步奖12项。

截至2020年7月，学院与英国伯明翰大学、美国密西根大学、美国西雅图艾伦研究所、德国亚琛工业大学、乌尔姆大学、澳大利亚蒙纳什大学以及日、法、澳等高校和科研机构建立了科学研究和人才培养的合作关系；与美国西雅图艾伦研究所共建东南大学艾伦国际联合研究中心。

根据2021年11月学院官网信息显示，学院举办了第一届江苏省大学生生物医学工程创新设计竞赛、生医学术沙龙，开设优秀本科生夏令营。

东南大学生物科学与医学工程学院设有系徽，分两种颜色。