东印度群岛是公元十五世纪前后欧洲国家对东南亚盛产香料的岛屿的泛名。它说明了当时欧洲人对东方香料的渴求，也是导致大航海时代（地理大发现）的一个直接原因。

15世纪，苏门答腊、爪哇和婆罗洲出现一些印度文化影响的王国，相续兴起和衰亡。

14至15世纪，伊斯兰教从中东和印度传入，马来亚的马六甲既是本地区转口贸易中心也是伊斯兰教的传播中心。

16世纪欧洲人开始殖民统治，1511年葡萄牙人占领马六甲，然后被荷兰人驱逐。虽然英国人企图介入东印度群岛纷争，但终于落入荷兰人控制，葡萄牙人最后只剩下帝汶岛。

第二次世界大战期间，日本人取代了欧洲殖民者，这个时期激发了民族主义的成长和战后新国家的诞生：印度尼西亚（1949）、马来西亚（1963）、巴布亚新几内亚（1975）和文莱（1984）。

东印度群岛（East Indies），马来群岛的大部分岛屿，介于亚洲大陆（东南）和澳大利亚（西北）之间，沿赤道伸展6100公里（3800英里）以上的宽阔地带。包括婆罗洲、西里伯斯、爪哇、新几内亚及苏门答腊几座主要岛屿。

政治上包括文莱、印度尼西亚、马来西亚三国，有时也包括巴布亚新几内亚和菲律宾。历史上，“东印度”的地域概念比较松散，既适用于印度尼西亚共和国（前荷属东印度），也可包括马来群岛（菲律宾属于本群岛），亦可延伸到整个东南亚和印度。

东印度群岛将印度洋(南)和太平洋(北、东)分隔开，地形可分不同的两部分：涵盖苏门答腊、婆罗洲、爪哇和部分新几内亚岛的大陆棚；而西部的巴里与婆罗洲之间，东部的阿鲁(Aru)与新几内亚东部之间的岛屿则为新褶曲海底山脉。

本地区的核心是巽他台地，台地上面是浅海，台地亦称巽他陆棚(Sunda Shelf)，巽他陆棚是东南亚大陆延伸的稳定地块。邻近的莎湖(Sahul)陆棚，新几内亚及其附属岛屿是这个陆棚的一部分，同样地也是澳大利亚大陆的延伸。在这核心周围，本地区的其余部分则是陆棚外缘一系列连续褶皱运动逐步形成的，更强烈和广泛的造山幕发生于中生代时期。

本地区各处散布著200多座火山，其中约70座在印度尼西亚、过去150年间曾喷发过。在4个主要冰期，陆棚地面大河奔流，当时的动物和古人类可借陆桥穿越此处。当17,000年前冰盖融解后，巽他陆棚一部分被淹没，山脉和较高的地方成了浅海浸入的岛屿或半岛。

本地区群岛地形以崎岖的山地为骨架，上覆着火山带，许多火山锥高出3,000公尺(10,000呎)。在稳定的巽他陆棚各地，山坡长期遭受风化，轮廓平缓；而不稳定地区山脉地形很不规则。有些岛屿有广阔的河口湾，而许多浅海沿岸，如苏门答腊东岸、婆罗洲西岸和南岸、新几内亚西南岸，拥有大片沼泽带，终年积水，不适人居；而爪哇中部和东部、苏门答腊北部以及小巽他群岛部分地方则因地处冲积平原且排水良好，故人口众多。

群岛的多山地形，加上充沛的年降雨量，使短小、坡降陡的河流侵蚀力强。大陆棚岛屿的河流将其侵蚀物沉积于周围浅海，迅速生成广大的氾滥平原与三角洲，这类低地上的河流漫长，如苏门答腊的穆西(Musi)河、婆罗洲的卡普阿斯(Kapuas)河与巴里托(Barito)河，以及新几内亚的塞皮克(Sepik)河与弗莱(Fly)河。介于两个陆棚之间，从深海里陡峭升起的岛屿，没有机会在深海周围产生沿海平原和三角洲，平坦的低地很有限，河流一般也都短小，坡降陡峻。

本地区土壤相当复杂。火山带的土壤及其衍生的冲积层很肥，如中爪哇和东爪哇、苏门答腊部分地区以及西里伯斯的零散地方。砖红壤产生于马来亚、婆罗洲及稳定的巽他陆棚其他岛屿，对农业而言，土壤贫瘠，有时简直无法利用。在巽他陆棚边缘的印度尼西亚大岛上，有广阔的沿海沼泽，沼泽表面积聚着枯死的植物，使原本没有利用价值的土地，具有潜在的肥力。

东印度群岛全部位于热带，在赤道两侧各10个纬度之间，气温高，年平均27℃(80℉)。年温差在赤道上只有几度，离赤道越远，温差逐渐增大。温度变化也受到附近海洋的影响和调节。

影响气候变化的因素是降水，年降雨量从苏门答腊和爪哇山地迎风坡的8,130毫米(320吋)以上，到苏拉威西西部与小巽他群岛的雨影带不足500毫米(20吋)。群岛大部分年平均2,000毫米(80吋)以上，全年均匀分布，但从中爪哇往东到全部小巽他群岛，年降雨量逐步减少而干季拉长。另一个气候变化因素是台风，每年7ㄢ1月份，从西南太平洋上向西和向北吹来20多起台风。

在大部分东印度群岛上，大雨和高温导致植物全年快速生长，种群丰富。雨水充沛地区覆被著热带长绿雨林，比较干爽的地区有半落叶季风林，包括柚木和桉树，这类森林主要呈季节性生长。其他森林类型有海滨林(红树林、水椰子、露兜)、沼泽林及山地林。有150多种棕榈，包括椰子、糖棕、西谷棕、槟榔等。竹子分布于全区。大片自然林被人类农耕反覆清除，主要孳生着白茅(Imperata cylindrica)。

东印度群岛的植物区系是世界上最丰富的，乔木、灌木和草类多达30,000种以上，属于2,500多个已鉴定的科。种群丰富是雨水充沛、生长期长、地形差异与环境复杂的结果，也是东印度群岛作为亚、澳两大陆之间的陆桥位置等作用综合形成的。两大陆动植物在群岛上发生混合。

马来群岛的动物区系也颇丰富，但大型动物不多，象、虎、犀牛、野牛、貘及猿都属于亚洲种。区系动物在巽他陆棚岛屿的分布不均匀，标志着这些岛屿在不同地质时期的联接或分离。澳大利亚的区系动物，袋鼠在新几内亚有发现，其他有袋类分布越过莎湖陆棚远达帝汶和西里伯斯岛，两岛之间的某些岛屿则有风土种如矮水牛以及小巽他群岛的科莫多岛(Komodo Island,弗洛里斯〔Flores〕岛附近)上的巨蜥。群岛也许拥有全世界最丰富的昆虫和鸟类，它们分布范围更广泛，特别引人注目的是大螯甲虫、巨蝶、羽色绚丽的极乐鸟、俊美的孔雀雉和斑斓的美冠鹦鹉。

东印度群岛的主要居民似乎是从东南亚及南亚大陆移来的。

在本地区的原始居民中有矮黑人（Negroid），亦称尼格利陀人（Negritos）。他们被约在4,000年前开始从亚洲大陆入境的原古马来人（Proto-Malays）所取代或吸收，原古马来人带来水稻种植与家畜饲养技能。约在西元前3世纪从东南亚来的马来人接踵而至，散布到印度尼西亚和菲律宾各地，他们然后又被继来的民族如孟-高棉、泰、缅人挤出亚洲大陆（马来半岛除外）或吸收掉。

1925 年—1926 年，两年内中国移入荷属东印度群岛的华侨有五、六万人左右。他们大部分是广东的客家人。

东印度群岛的马来族系后来又同阿拉伯人、印度人及中国人有小规模的混合。东印度群岛居民讲多种语言，属于马来-波里尼西亚语系，亦称澳斯特罗尼西亚诸语言（Austronesian languages）。

现代居民的多元文化主要是印度教、伊斯兰教与佛教文化作用的结果。

本地区农业为本地区的首要经济活动。大部分居民是农民，直接或间接以农为生，农业经济多种多样，大多数农民是自给性的稻农，种植水稻，有时也以玉米、芋类或木薯作主粮。本区域的集约稻作区出现在河流谷地、三角洲及沿海沼泽带的肥沃冲积土上，而甘蔗、椰乾、香料、橡胶、烟草及植物纤维等经济作物也有小农种植。

种植园生产价值高的出口品橡胶、棕油、剑麻、金鸡纳霜(奎宁)和茶叶，还有咖啡、烟草和椰乾。山区游耕农在高坡上种植山稻和玉米。

畜牧业规模小，除印度尼西亚东部群岛外，很少大群饲养。一般经常饲养的大牲畜是水牛和黄牛，用动物拉犁是本地区农业的基础。

森林提供有价值的资源，如木材、树脂、藤条及其他林产品。木材出口对于婆罗洲及苏门答腊欠发达的经济特别重要。

虽然本地区不是世界大贸易集团之一；但这里占世界天然橡胶出口量的一半以上和锡的出口量1/3左右。印尼只有1/7的国内生产总值来自制造业，其余国家则占到10%∼25%。乡村工业有橡胶和棕油的初加工、小规模碾米、砖瓦业。城市工业有大规模碾米、橡胶二次加工、炼锡和纺织，还有玻璃、肥皂、香烟及其他消费品的制造业。

本地区大部分所在的巽他陆棚是世界上高度成矿带之一，富含锡、金、铜、锌、银、铅、铁、锰、铬、钴、钒、钼和钨，还有广泛分布的石灰岩、萤石、高岭土、石膏、泥灰岩、矽砂和盐。

第二次世界大战以後，各国相继独立，不仅加强传统采矿业，并开发过去未曾普遍开采的各种矿产，如石油、天然气、铁矿石、铝土、镍和铜。石油矿区分布在汶莱、婆罗洲东部等处，铝土和镍则产于印度尼西亚。矿产开发影响当地景观，也促进都市和交通发展。