东山出入境检验检疫局工作辖区有东山、云霄、诏安三个县和漳州常山华侨开发区。全局现有在编干部职工30名，其中党员26名，15人具有中级职称。班子配备3人，内设办公室、综合业务科、卫生检疫监督科、动植物检验检疫科四个科室和综合技术服务中心，并在农食水产品实验室的基础上与东山县政府共建东山县水产品检测中心，2005年6月28日挂牌开验。其中农食水产品实验室经国家局认证，保健分中心经地方卫生主管部门批准执业，2005年通过总局考核验收。

业务情况：东山局日常检验检疫工作以出口为主，出口货值占85%，主要货物有水产品、果蔬、罐头、工矿产品。

内设科室：

办公室

综合业务科

卫生检疫监督科

动植物检验检疫科

食品检验监督科

下设2个正科级国检办：

诏安检验检疫办公室

云霄检验检疫办公室

下设1个事业单位：

东山局综合技术服务中心

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“第十三届福建省文明单位”候选名单，并向社会公示，接受群众监督。