2000年人们所能看见的寺院，是遭到火焚之后于明治二十八年重建的。大师堂相当于中国佛寺的大雄宝殿，南北76米，东西58米，高度仅次于奈良的东大寺，是京都最大的木造建筑，也是世界最大的木建筑之一。
东本愿寺“关东”别院：东本愿寺初为大连本愿寺关东别院，举行一些日本宗教活动。1945年后曾经是
大连市图书馆书库。1990年改为大连京剧团所在地，内设麒麟舞台。古老的剧种与古老的建筑相映成趣，2000年，这里成了城市别有风情的一隅，而且是市级文物保护单位。
东本愿寺“满洲”别院：东本愿寺“满洲”别院旧址，位于长春市朝阳区北安路735号，1985年，以“东本源寺旧址”名称公布为长春市第四批市级文物保护单位。长春东本愿寺“满洲”别院旧址，是日本京都东本愿寺的下院，信奉佛教
净土真宗。旧址由伪满洲国总务厅设计，日本福昌公司施工，1936年5月动工，1937年竣工，造价21万元。旧址主体采用钢筋混凝土结构，局部以木构件装饰，地上一层，地下一层，建筑面积1590平方米。1948年10月长春解放后，东本愿寺“满洲”别院旧址先后由长春市市直机关幼儿园、长春市六一小学、
长春市实验中学、
长春市第二实验中学等单位使用。2007年长春市第二实验中学迁出后，旧址闲置。
东本愿寺“关东”别院：20世纪初，日本人涌入大连市，随身携带的不只有武器，还有碎花阳伞、和服、铁板烧以及神社和寺院。日本统治者把大连当成日本的一个州，因此在大连市为他们自己修一座堂而皇之的大寺院东本愿寺。
本院：公元1602年，经德川家康将军之令，从
西本愿寺独立后创立。寺内占地面积广大，排列着巨大的伽蓝，位于中心的御影堂是世界最大级木结构建筑物。东本愿寺在
江户时代曾遭大火，于明治年间重建，其正门“大师堂门”被称为京都三大门之一，高76公尺，宽58公尺，寺院内的御影堂是世界最大级。
“关东”别院：坐落在中山区麒麟西巷1号的东本愿寺，建于1915年，建筑面积1282平方米。虽由日本人设计，却是仿中国明式寺庙风格的建筑。在大连市内，东本愿寺是最大的一座佛寺。站在南山向北看去，在一片欧式与和式风格的建筑群中，这座古色古香的寺庙建筑显得十分独特。整个建筑为砖木结构，檐部设计斗拱，出檐深远，直至殿顶；内部结构高大，上层佛堂内有藻井，横栏上雕有飞天、孔雀、牡丹、宝相花等图案。佛堂内悬挂着章太炎所书匾额。寺内一些重要构件表面均以镀金处理，金碧辉煌。
2015年1月，东本愿寺正殿阿弥陀堂即将完成贴金修复工程。贴上金箔后，阿弥陀堂“内阵本间”熠熠生辉。整体须使用11厘米见方的金箔30万枚以上。包括其他殿堂，整个修缮工程耗资高达200亿日元(约合人民币10.6亿元)。