东渡港区在厦门岛狐尾山西麓，宋、元、明三朝，均有政府设立的官渡，与西岸的嵩屿对渡，故称东渡。

东渡港区渡口有一条石砌的道路，路尽头的大石坡被凿成台阶作为码头，沿岸的牛家村澳就是停靠船只的港湾。清朝政府在这里设馆，称“排头门小口”，派专人稽查同安、南安、澳头、鼎尾各渡头来往货物，验明后给单，转报厦门关正口征税。

中华人民共和国成立后，厦门口岸吞吐量逐年增长，老港区已不能适应进出口货物的海上运输。1974年，经省交通厅批准，筹建东渡新港区，第一期工程建4个深水泊位，1976年正式动工。1982年7月，2个泊位试投产，利比亚籍2.7万吨级浪峰轮载阿根廷散装小麦2.3万吨，首次停靠该港区二号泊位。1984年12月，东渡港区第一期工程4个泊位验收合格正式投入使用，工程总投资2.5亿元。

1986年4月，国家计委批准二期工程建设项目建议书，1989年10月东渡港区二期工程水工部分开工，1994年12月竣工。东渡二期工程包括新建4个深水泊位，其中，3.5万吨级集装箱泊位1个，年吞吐能力为10万个标准箱；2万吨级件杂货泊位2个，设计年吞吐能力为100万吨。3个泊位码头岸线长703米，前沿水深12.2米，工程结构为重力式实心钢筋混凝土方块结构。另一个2.5万吨级煤炭码头，设计年吞吐能力为150万吨，码头岸线长270米，前沿水深10米，工程结构为高桩梁板结构。东渡二期工程投资5.8亿元人民币，其中厦门市政府向世界银行贷款3600万美元。

实现厦门口岸单航次最大批量汽车出口。2024年1月23日，在福建厦门东渡港区现代码头，3700余辆汽车陆续驶上“上汽安吉申诚”号汽车滚装船。船只1月24日从厦门港起航，驶向欧洲，这是厦门口岸单航次最大批量汽车出口。