两京制度是明朝的一项特殊制度，即同时设立南京和京师（北京）两个首都。1368年正月，明太祖朱元璋在应天府称帝，建立了明朝。8月，建都应天府，命名为南京。洪武十一年(1378年)，南京作为明朝的政治中心改称京师。明成祖在“靖难之役”后，即开始做迁都准备，永乐元年(1403年)正月，改北平为北京。2月，改北平府为顺天府。8月，迁直隶、苏州等10府、浙江等9省富民充实北京，并开始营建北京城，历经14年，至永乐十八年(1420年)底基本工。以后，正统、嘉靖两朝也对北京进行过修缮和扩建。在永乐十九年(1421年)正月，明成祖正式迁都，规定改北京为京师，原应天府为南京，称留都。洪熙元年(1425年)，明仁宗拟还都应天府，改京师为北京。正统六年(1441年)，明英宗恢复成祖旧制，定北京为国都，称京师,南京仍为留都，从此，北、南两京遂成定局。
明朝立国之初，
朱元璋的势力范围主要在南方。1368年，朱元璋在应天府称帝，并建都于此，改名为南京。此时朱元璋还有向北迁都的打算，不过他理想中的京师是开封，所以暂且将开封府称北京。朱元璋于洪武元年三月亲赴汴梁作实地考察，觉得
汴梁但后来，朱元璋渐渐淡去了迁都开封的念头，遂去掉开封的“北京”称号，改“北京”为“
北平”。
燕王朱棣在朱元璋去世后从北平发动靖难之役，攻占京师，夺取帝位，初时也定都南京。此时蒙古族的残余势力还在北方威胁着大明王朝的社稷安危，而北平“地势雄伟，山川巩固，四方万国，道里适均”，若迁都于此，即可以抵御蒙古贵族的威胁，又可以占据有利地形，控制南方各地。朱棣继位后于永乐元年改北平为北京，并大规模修筑北京城，做迁都的准备。
明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、
都察院、
通政司、五军都督府、
翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。
不过，南京各机构设员较少，管辖范围也仅限于南京。虽品级与北京各官相同，权力却大大不如。时人均把南京官视为闲职，官员由北京调往南京，也往往是一种贬斥。明中期以后，党争激化，在北京失意的官员多集中在南京。一时之间，南京顿时成为反对派的大本营。于是便出现了对立的两党各据一京，互相贬斥，针锋相对的情况。