两京制度是明朝的一项特殊制度，即同时设立南京和京师（北京）两个首都。这一制度的独特之处在于两个都城各设一套中央机构，且多有相同之处，但彼此独立，各不统署。两京制度的建立有着深刻的历史原因。
明朝立国之初，
朱元璋的势力范围主要在南方。1368年，朱元璋在应天府称帝，并建都于此，改名为南京。此时朱元璋还有向北迁都的打算，不过他理想中的京师是开封，所以暂且将开封府称北京。朱元璋于洪武元年三月亲赴汴梁作实地考察，觉得
汴梁但后来，朱元璋渐渐淡去了迁都开封的念头，遂去掉开封的“北京”称号，改“北京”为“
北平”。
燕王朱棣在朱元璋去世后从北平发动靖难之役，攻占京师，夺取帝位，初时也定都南京。此时蒙古族的残余势力还在北方威胁着大明王朝的社稷安危，而北平“地势雄伟，山川巩固，四方万国，道里适均”，若迁都于此，即可以抵御蒙古贵族的威胁，又可以占据有利地形，控制南方各地。朱棣继位后于永乐元年改北平为北京，并大规模修筑北京城，做迁都的准备。
明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、
都察院、
通政司、五军都督府、
翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。
不过，南京各机构设员较少，管辖范围也仅限于南京。虽品级与北京各官相同，权力却大大不如。时人均把南京官视为闲职，官员由北京调往南京，也往往是一种贬斥。明中期以后，党争激化，在北京失意的官员多集中在南京。一时之间，南京顿时成为反对派的大本营。于是便出现了对立的两党各据一京，互相贬斥，针锋相对的情况。