2013年3月25日，
厦门大学、
复旦大学、
福建师范大学和中国
社科院台湾研究所等三校一所根据
教育部、
财政部提出的“高等学校创新能力提升计划”（简称“
2011计划”）“建设有中国特色的新型智库”的讲话精神，结合中国一流高校、研究机构，三强联手，组建“两岸关系和平发展协同创新中心”。
根据教育部、财政部提出的“高等学校创新能力提升计划”（简称“2011计划”）建设有中国特色的新型智库”的讲话精神，厦门大学于2012年10月发起成立“两岸关系和平发展协同创新中心”（以下简称“两岸协创中心”）。2013年1月，厦门大学征得复旦大学、中国社会科学院台湾研究所、
福建师范大学的同意，确定共同建设“两岸协创中心”。2013年3月25日，在国台办和教育部领导的亲临见证下，“两岸协创中心”正式揭牌。7月26日，四家共建单位在厦门大学召开第一次全体会议，公布了中心的组织架构和主要人事安排。至此，由厦门大学牵头，北、中、南涉台研究知名院校共同组建的两岸关系和平发展协同创新研究中心（中国特色新型智库）框架基本确立。
本中心旨在与海峡两岸产、学、研、用部门通力合作，在“两岸经济一体化”、“两岸社会整合”、“两岸文教融合”、“两岸共同事务合作管理”、“两岸关系和平发展重大理论创新”等五大领域展开跨学科、跨部门、跨领域、跨地区的协同创新研究和实践，破解理论和实际工作中存在的难题，产出一批高水平研究成果，培养一批顶尖研究人才，为两岸关系和平发展提供智力支持和保障。
中心的研究将为两岸有关单位和部门提供更具针对性和可操作性的决策参考意见，为更好地解决两岸经济合作、社会接轨、文教融合以及人民生活中出现的具体困难和问题，确保两岸和平发展进程平稳快速的推进。
中心最高权力机构为理事会，决定中心发展的原则与方向。理事会下设学术委员会和中心行政部，学术委员会负责中心重大学术研究计划的制定，行政部负责中心日常工作的开展和运行。行政部设中心主任、执行主任和两位副主任，中心主任负责平台首席专家的招聘。中心在已有隶属单位的人员聘用上实施“流动不调动”的用人机制。
在科学研究方面，以需求为导向，优化配置人财物资源，并建立四家单位一体化学术资源共享平台。共建单位人员以中心名义发表的研究成果，派出单位视同本单位第一署名成果。在人才培养方面，共享四个单位优质教学资源，联合招生，跨校多导师联合培养，学分互认。在学科建设方面，创建“台湾学”交叉学科，招收博士后研究人员。通过“三位一体”的制度设计，打造台湾问题科学研究、人才培养和学科建设的国际品牌。
牵头单位厦门大学为协同创新中心提供5000平米的科研、教学、行政办公及会议用房；从校内协同单位全职聘任专业研究人员80人；每年配套中心建设经费3000万元人民币。参与单位复旦大学、中国社会科学院台湾研究所、福建师范大学分别组织专业研究力量，并进行相应的新增资源投入。中心与平潭综合实验区管委会共建厦门大学台湾研究院平潭分院，作为中心派出研究机构；与厦门海沧区政府共建行业标准协同创新中心实践平台；与
台湾经济研究院、台湾大学大陆研究中心等单位共建“两岸经济一体化”等协同创新研究平台。
教育部、财政部2014年10月15日公布2014年度“
2011协同创新中心”认定结果，两岸关系和平发展协同创新中心成功入选，截止2014年，教育部、财政部共认定了38个“2011协同创新中心”。