党的十一届三中全会以来，根据新的历史时期和新的形势，统一战线向纵深发展，立足内地，面向世界，把统一战线工作做到海外去成为统战工作的重点。随着
一国两制的提出和形势发展的需要，1980年2月，县委统战部内设对台工作领导小组办公室，处理对台胞、台属的事务；1982年，设置了宗教科对外称东莞县人民政府宗教科；1985年9月，东莞县改为市建制，中共东莞县委统战部随之更名为中共东莞市委统战部。
1997年4月机构改革,市委统战部设4个职能科室,包括
办公室、党派工作科、经济联络科和民族宗教事务科.2001年4月,市民族宗教事务局成立,挂靠市委统战部.2001年9月机构改革,市委统战部保留上述4个职能科室,并将原市民族宗教事务局职能划入.2002年7月,市民族宗教事务局单列为正处级建制,列入市政府工作部门序列,市委统战部撤消民族宗教事务科.2005年8月,市委统战部增设港澳社团工作联络科.