中共南昌市委党校创建于1953年9月，历经中共南昌市委干部学校、中共南昌市委初级党校、南昌市革命委员会毛泽东思想学习班等多次变迁，于1972年12月正式定名为中共南昌市委党校。

1995年4月经南昌市人民政府同意设立南昌市行政学院，实行两块牌子，一套班子，与南昌市委党校合署办公。

中共南昌市委党校是南昌市轮训和培训党员领导干部的主要基地，是学习、研究马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”思想的重要阵地，是干部增强党性锻炼的熔炉。半个多世纪来，中共南昌市委党校在社会主义革命和建设艰难探索以及社会主义现代化建设、改革开放和全面建设小康社会的各个时期，始终坚持以教育培训领导干部为己任，紧紧围绕市委、市政府在各个历史时期的中心任务开展教育培训，先后举办各类班次500余期，轮训、培训各类干部近5万人次，开展多层次学历教育毕业学员近2万人次，为南昌市培养了大批领导干部和专门人才，为南昌市的改革开放和现代化建设作了积极的贡献。

自创办以来，就十分注重发挥党校学习、研究和宣传马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想以及科学发展观等重大战略思想的重要阵地作用。尤其是1995年以来，南昌市委党校认真贯彻《中国共产党党校工作暂行条例》、《中共中央关于面向21世纪加强和改进党校工作的决定》精神,坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，认真落实中央及省、市委关于党校工作的一系列重要指示精神和工作部署，密切联系改革开放和社会主义现代化建设实际，努力履行职责，积极开展工作，在加强理论武装和干部教育培训工作中发挥了重要作用。新世纪以来，南昌市委党校坚持以改革促发展，逐步建立具有中国特色、时代特征、地区特点的新型党校。在开展干部培训工作中，党校始终坚持党校姓“党”的办学方向，从严治校、加强管理、探索干部教育规律和特点，坚持以教学为中心，不断深化教学改革，整合教学资源，提高教学质量，规范主体班办学，突出马列主义基本原理、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观的主课地位，使党校的教育事业呈现出新的局面。党校在教学上坚持和完善教学新布局，实现教学方法、教学管理上的创新，在教学内容上突出了“三性”，即针对性、研究性和指导性。在教学方式上，大力倡导研究式、体验式教学这一新的教学理念，并贯穿了教和学的全过程。以“军营体验式”教学、“县区领导论坛”为代表形成了一批精品教学品牌。在教学手段上，充分利用信息化提高教学水平和工作效率。在教学管理上，深入探索和建立新专题试讲制度、学员听课评比制度等，培训效果不断提高，有力地推动了全市广大党员干部政治文化素质的提升。

市委党校在搞好教学工作的同时，积极推进教学科研一体化工程，树立“精品”意识、实施“精品”战略，加强对重大理论和现实问题的研究，取得了丰硕的科研成果。在承担调研课题方面，继“九五”期间中标结项三个国家级社科基金项目的基础上又连续多年实现结项、立项历史记录的新突破，教师的科研论文硕果累累。2003年，成功创办校刊《中共南昌市委党校学报》，为党校科研工作提供了一个良好的平台。2008年组织编写的专题辅导材料《掌握科学方法，用好科学武器》实现了主体班教材编写上的新突破。市委党校把科研工作的重点由学科理论研究向市情调研上转变，全面加大对南昌市经济和社会发展中出现的热点、难点问题的研究，开展了系列调研活动，形成了一批有重要参考价值、操作性较强的调研报告并得到有关市领导的高度重视，实现了科研工作在政策咨询上有新作为。

党校现有内设部门17个，其中参照管理处室8个，单列部门（机关党委）1个，教研部4个，教辅部门4个。现有在职教职工101人，离退休教职工49人。党校积极实施人才强校战略,不断强化教学科研、行政管理、后勤服务三支队伍建设,教师队伍结构进一步优化。党校现有正高专业技术人员3人,副高专业技术人员18人,中级专业技术人员11人。初步形成了规模适当、结构合理、层次较高的人才梯队,为党校科学发展提供了坚强的人才支持和智力保障。

半个多世纪来，南昌市委党校由最初简陋的办学、生活条件，发展到今天较为齐全的办学和生活服务设施，硬件建设发生了翻天覆地的变化。党校老校区位于南昌市中心，八一广场西南侧。现有校园面积 20亩，校园建筑面积35000多平米，有十层综合大楼一幢，六层多功能学员宿舍楼一幢，四层教学楼一幢，教职工宿舍五幢。图书馆2000平方米，藏书近10万册。为适应新形势下干部教育培训工作的需要，先后建成了多个多媒体教室、一个电子阅览室和一个计算机教室。2001年建成中央党校远程教学B级站。2005，中共南昌市委在红角洲高校园区新划拨100亩地建设党校新校区，并将其列入全市重点建设工程项目，总建筑面积36131平米，投资规模近2亿元，主体工程已于2011年6月顺利封顶。一所政治文化氛围浓郁、设施齐备、环境优美的新党校即将矗立在美丽的赣江之滨。

2019年3月，获得“江西省第十五届文明单位”荣誉。

2021年11月，被江西省精神文明建设指导委员会办公室列入“第十六届江西省文明单位”候选公示名单。