中共琼海市委设置8个工作部门：市纪律检查委员会，市委办公室，组织部，宣传部，统战部，政法委，机构编制委员会办公室，市直属单位工作委员会 。
中共琼海市委办公室
根据中共海南省委、海南省人民政府《关于琼海市党政机构改革方案的通知》（琼委[2000]38号），设置中共琼海市委办公室。中共琼海市委办公室是市委的综合部门和办事机构。
一、主要职责
（一）负责综合协调工作，主要做好市委决策落实的协调，重大会议、重大活动的协调，市直各部门的协调，市级领导安全保卫工作的协调等。
（二）负责市党代会、市委全会、市委常委会、市委书记办公会、市委财经领导小组会及市委召开会议的会务工作和市委机关的后勤服务工作。
（三）负责市委的公文处理、印鉴管理、值班管理等工作。
（四）负责起草、审核市委文件和市委领导讲话以及上报省委和省委办公厅的各种文稿。
（五）负责向省委和上级报送社会经济发展及改革开放和群众关注的热点难点及突发性事件等重大信息的整体开发和综合利用，向市直有关部门和各乡镇通报信息。
（六）围绕党的中心工作和市委的工作部署开展调查研究，为市委领导提供决策依据。
（七）负责对市委决策和市委领导重要批示实施督促检查。
（八）做好政策研究工作。针对改革开放和社会经济发展过程中的深层次问题及群众关注的热点难点问题进行调查研究等工作。
（九）负责全市无线移动密码通信的使用管理，机要通信使用管理；负责全市党政机要系统的计算机机要保密网络通信及市委领导、市委机关办公自动化规划、装备、使用管理；负责全市党政军系统的机要通信（人工传递）、保障核心机密的及时、准确、安全传递。
（十）负责全市保密工作的管理及实施；负责保密业务培训及对涉及国家秘密的通信、办公自动化和计算机信息系统的审批及相关的密级鉴定等工作，并负责市委领导文件的传递和管理。
（十一）负责对所属事业单位贯彻执行党和国家方针政策、法律法规规章的检查监督，协同有关部门监管其非经营性国有资产。
（十二）负责市委机关有关刊物的编辑发行工作。
（十三）负责全市党办系统工作人员的培训工作；承办市委和上级部门交办的工作，检查指导各乡镇党办工作。
中共琼海市委办公室领导成员及分工
主任 陈学问 主持市委办全面工作,负责机要密码、保密、市委招待所工作。
副主任 吴仕春 负责机要件和保密件的批办，分管文秘、督查、办会、史志、党务、工青妇、安全保卫、计划生育工作、行政事务、车辆管理工作。
副主任 王业绩 负责市委住宅大院的管理，分管计划生育工作，协助联系市委招待所工作。
副主任 王路生 负责重大调研课题撰写工作，联系信息工作。
副主任 陈朝琼 分管综合、调研、信息等工作。
领导信息
傅晟任中共琼海市委委员、常委、副书记（副厅级）、市人民政府党组书记
陈兴兴任中共琼海市委副书记（正处级）、市委党校校长、市行政学校校长
陈辉任中共琼海市委委员、常委（正处级）
钟辛（女）任中共琼海市委委员、常委、市委宣传部部长（正处级）、市融媒体中心（市广播电视台）党组书记
占建云任中共琼海市委委员、常委、组织部部长（正处级）
潘艳红（女）任中共琼海市委委员、常委
陈剑华任中共琼海市委委员、常委