负责全国疾病预防控制和爱国卫生工作；起草疾病预防控制和爱国卫生运动方面的法律法规，研究提出政策建议；拟订全国重大疾病防治规划、国家免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系建设；协调有关部门对重大疾病和公共卫生实施防控和干预，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；组织实施疾病预防控制规划和重大疾病防治项目，对落实情况进行监督检查；负责拟订检疫传染病和监测传染病目录；承担法定报告传染病疫情信息管理工作；承办全国爱国卫生运动委员会、国务院防治艾滋病工作委员会的日常工作。
机构设置
设综合处、传染病预防控制处、免疫规划管理处、艾滋病预防控制处、结核病预防控制处、血吸虫病预防控制处、地方病预防控制处、慢性病预防控制与营养管理处、精神卫生处、口腔卫生处、爱卫办一处、爱卫办二处。
司局领导
陈贤义 局 长
肖东楼 国家卫生监察专员（正司局级）
郝 阳 副局长
白呼群 副局长
孔灵芝 副局长
林天荣 副巡视员
张 立 副巡视员
徐惠民 副巡视员