为了调动广大医生临床科研的积极性，解决慢性呼吸道疾病防治工作中的问题，呼吸病学分会率先建立了临床科研资金，首批科研基金由阿斯利康、葛兰素史克、勃林格殷格翰药业公司大力赞助共1400 万元，用于慢性气道疾病临床防治科研(图5)。呼吸病学分会在开展“慢性呼吸道疾病临床科研专项资金”工作的过程中，严格遵照《中华医学会临床医学科研专项资金管理办法》的规定，立项、评审程序公开、公正、科学，管理措施规范、严格。 经过三审及终审会议，最后46项评为2007年度首批科研立项项目。由于资金投放重点放在基层慢性呼吸道疾病防治工作，深受广大医务人员赞誉，呼吸病学分会2008 年度的资金评审工作将继续进行。
为了呼吸科医生整体水平的提高，多年来呼吸病学分会根据学科的发展，制定和不断修改相关学科的诊断和治疗指南: 《支气管哮喘防治指南》;《咳嗽的诊断与治疗指南》(草案);《2006年版全球哮喘防治创议对中国哮喘防治工作的启示》;《
社区获得性肺炎诊断和治疗指南》;《肺真菌病诊断和治疗专家共识》;《慢性阻塞性肺疾病诊治指南》 修订版;《肺血栓栓塞症-深静脉血栓形成影像学检查操作规程(推荐方案)》;《诊断性可弯曲支气管镜检查指南》等。
受卫生部委托，由中华医学会呼吸病学分会组织编写了《临床技术操作规范》(呼吸病学分册)由《人民军医出版社》出版发行;《
临床诊疗指南》(呼吸病学分册)由《人民卫生出版社》出版。