闽中协会的前身是公理会和美部会。
清道光二十七年(1847年)美国基督教公理会国外布道会派传教士杨顺(即约翰逊·史蒂芬)和弼履仁夫妇来福州,以中洲为立足地,在江南桥畔赁屋传教。翌年把传教中心扩展到南台铺前顶保福山(今吉祥山),附设保福山学校为中国最早的一所近代学堂。
清
咸丰三年(1853年)美部会派卢公义来榕接替杨顺,续办一所圣经斋,称福音精舍,是一所免费的寄宿学校。
随着信徒逐年增加,传教范围也由福州城外扩大到城内。
同治二年(1863年)美部会派麻林与夏察理来榕主持福州差会。并在九仙山(今于山)北麓购地沿街建一座“L”型白砖楼取名圣教楼,并在荒山坡地上盖起四座洋式平房,作为福州差会办事机构和外国传教士聚居地(俗称“洋界”)。
经过“福音精舍”首批培养的华人传道如沈守真、郑信灼、宋玉兴、林用敏、刘孟湜等毕业后,“宣教”工作才有新的进展。同治三年至四年(1864~1865年)间,开拓长乐、永泰传教地,建铺前顶、太平街、梅花、长邑、永泰、南屿6座教堂。外国传教士人数逐年下降,传教工作多由华人担任。这时,福州差会还委托格致书院开办传道培训班,培养华人传教人员。从这个培训班毕业的学员有4大名牧“翁、邱、吴、马”(即洪山堂翁怀友、福世堂邱景年、水部堂吴瞻斗及东门堂马良英)以及李玉禄、郭百祯和李汝统等人,女生有沈文英、许兰金等人。初授传道职务,后男性被按立牧师。
福州为美部会差会驻在地。办事处在太平街,设总干事、副总干事各1人,会计、秘书若干人,并设有各种委员会,推行教务及布道工作。协会每年开会一次,讨论兴革事宜及按立牧师。
闽中协会前20年间信徒仅64人,传道9人。裨益知主理经学书院,在短时间内培养出40多名传道,建立11个教堂。当时闽中协会设在花园路一号。1956年成立福建大会时迁秀冶里河沿(今侨联大厦)。1958年又迁铺前堂钟楼。