浸信会起源于17世纪的英国的一群基督徒，热诚研读圣经，强调加入教会者应是指着信而受浸（全身没入水中）的成人，反对为婴儿洗礼，要求受过点水礼的人应再次接受浸礼的信众，又被称为重浸派，浸信会亦由此开始。

1836年9月17日，叔未士牧师夫妇（J.Lewis Shuck，只有23岁和18岁的新婚夫妇）抵达澳门，成为来华的第一位浸信会宣教士。1845年，美国的浸信会分裂成美南浸信会和美北浸礼会。1951年全数宣教士被迫离华。

1949年美南浸信会在中国有教会392间，布道所410间，信徒123,000人，220位宣教士，主要分布在山东、广东等省。

1948年6月间中华浸信会全国联会差派杨美斋牧师来台进行边疆布道，10月19日，美南浸信会差派明俊德教士（Miss Bertha Smith）、张佩信牧师由山东济宁抵台北，12月26日举行浸会在台首次的主日崇拜。50年代前后，原在大陆浸会宣教士和信徒纷纷迁台。因此浸信会在台事工以当时军公教背景居多的大陆省籍族群为主要对象，也因而被以为系纯「国语系」教派。

1954年7月5日成立「台湾浸信会联会」，1972年 更名为「中华基督教浸信会联会」沿用至今。第一任主席为宣教士同时也是浸信会神学院创校院长的柯理培牧师，现任主席为恩惠堂邹仁鸿主任牧师。联会是由各地方浸信会自由加入，目的在协调共同事工的推动。各地方的浸信会并不受联会管理，而都是各自独立、自主和自治。