中华路第三小学创办于20世纪初，原名仓基小学。创办人陈懋言。
抗日战争胜利后称“仓基国民学校”，1951年改名为中华路第二小学，蓬莱区和邑庙区合并后改为南市区中华路第三小学。
学校向西三百米左右是明代科学家徐光启的故居。1956年群学会小学并入，1975年乔家路小学和小南门小学并入，1995年中华路第二小学并入，2002年篾竹路第一小学并入。1975年新建钢筋混凝土结构五层教学楼，1994年新建钢筋框架结构四层教学楼，后被部分拆迁，现学校占地面积4811M2。
学校早在九十年代初构建“10”系列工程，注重
爱国主义教育。1996年起，曹仲方校长就对爱国主义教育进行系统研究，1991年10月，按照
江泽民总书记的指示信和国家教委要求，构建了《中华路第三小学“10”系列工程实施细则》。1992年11月在
江泽民总书记主持召开的“加强精神文明建设座谈会”上，曹校长汇报了此项工作后总书记与校长亲切握手。此后学校德育工作不断加强并更具特色。