中南大学湘雅三医院于1989年11月28日奠基，1992年12月8日开诊，作为湘雅系中的后起之秀，湘雅三医院经过30年发展，形成了移植医学、微创医学、健康管理三大特色医疗技术品牌。
截至2019年11月，位居复旦版中国医院排行榜年度进步最快排行榜第7名；全国医院医工结合排行榜第13名；在国家卫生健康委满意度评比中，患者、医务人员双满意度总分排名全国第6位。
2019年11月28日，“2019健康
新势力创新发展
高峰论坛”在
长沙举行之际，中南大学湘雅三医院迎来了30周岁生日。医院以学术活动的形式，庆祝建院30周年。
2020年11月30日，中南大学湘雅三医院党委被表彰为“
湖南省抗击
新冠肺炎疫情先进集体”。
2021年7月，中南大学湘雅三医院第十二党总支第二离退休党支部被授予“湖南省
教育系统先进基层党组织”称号。
2023年8月，长沙湘雅三医院9名医务人员联名举报科主任引发关注。被举报的，是湘雅三医院呼吸与危重症医学科的主任孟婕。举报信称，孟婕“放任”其无手术操作资质的学生邹某单独进行支气管镜检查，导致三个月内发生2例患者死亡事件，事发后孟婕伪造医疗文书，要求其他医生签字担责。此外，举报者还反映
孟婕“暗箱操作”绩效分配、私设小金库、财务不公开、打压排挤同事等问题。湘雅三医院党委办工作人员表示，医院方面正在核实相关情况。
2023年8月10日，针对9名医务人员联名举报科主任一事，中南大学湘雅三医院院长江泓向记者表示，院方已有初步的调查结果，经上级部门核查后，将向社会详细公布调查情况。
2023年8月10日，湖南省卫生健康委、中南大学联合发布情况通报：针对网上传播的中南大学湘雅三医院呼吸与危重症医学科部分医务人员举报科主任的相关材料，湖南省卫生健康委与中南大学高度重视，已成立联合调查组，正对相关情况逐一进行核实。一经查实，将依法依规严肃处理。