中国东方航空云南有限公司（China Eastern Yunnan Airlines，以下简称“东航云南公司”）其前身为成立于1992年7月的中国云南航空公司。2002年，按照国家航空企业改革重组战略的要求，原云南航空公司与中国东方航空联合重组，成为其下属的航空运输企业。2005年6月，实施主辅业剥离，主业资产全部注入东航股份公司，同时更名为中国东方航空云南有限公司（为东航旗下的子公司）。2010年7月28日，中国东方航空集团公司与云南省政府在云南昆明举行揭牌仪式，正式宣布由东航集团所属东航股份有限公司与云南省国资委共同投资以东航云南有限公司为主体组建的合资公司——东方航空云南有限公司进入实质性筹建阶段，自此政企合作掀开新的一页。

公司省内、国内、国际（地区）通航点已达80余个，形成了四张特点鲜明的航线网络：一是以昆明为中心链接云南省内各机场的支线航空运输网络，二是以昆明为中心辐射国内各大中城市的干线运输网络，三是以昆明为中心辐射东南亚、南亚、中东的国际（地区）航线网络，四是利用代码共享、合作联营等现代营销理念、手段和其他航空资源以及加入天合联盟组织打造的全球航线网络。随着东航正式加入天合联盟，借助大东航的网络与联盟其他成员公司航线网络的衔接，旅客可通过一票到底、行李直挂和无缝隙中转，通达世界177个国家和地区的1052个目的地，实现飞遍全球的梦想。

2012年初恢复并新开了版纳—丽江—版纳、版纳—大理—版纳、版纳—香格里拉—版纳、丽江—腾冲—丽江、大理—腾冲—大理、版纳—腾冲—版纳六条省内环飞航线；省外干线先后开通昆明—鄂尔多斯—长春、昆明—呼和浩特、昆明—柳州—杭州、昆明—重庆—南通、昆明—西安—连云港、大理—昆明—北京、昆明—洛阳—大连、昆明—黔江—北京、昆明—济宁—北京等航线。

2015年6月底至7月初，开辟4条国际、国内新航线，其中6月26日，作为云南省首条直达北美的航线，昆明—温哥华航线开通；7月1日，昆明—版纳—琅勃拉邦的开通为赴滇旅游的游客提供了便捷的出境路线，同日，大理—天津航线的开通为省内穿梭旅游的旅客提供了更多选择；7月4日，昆明—南宁—大阪航线开通，则进一步加密了昆明赴日本的航线。

2024年10月27日起，中国民航将开始执行冬春航季航班计划。换季后，东航整体在云南市场执行航线共计147条，通航点96个。这是东航继上海—曼谷、上海—新加坡航线运行后推出的第三条国际空中快线，同时也是东航在云南省辐射南亚东南亚的首条空中快线。

公司现拥有飞行人员近600名，他们对高原特殊机场的起飞降落有着十分丰富的经验，当中有一大批安全飞行两万多小时的 “ 功勋飞行员 ” 和安全飞行一万多小时并荣获 “ 安全飞行奖 ” 的飞行员。公司有一支由汉、彝、白、纳西、傣、回等多个民族组成的，敬业爱岗、形象良好、训练有素的乘务队伍，在工作中以规范服务和特色服务赢得了中外旅客的广泛赞誉。公司还拥有一支保障有力的机务队伍和敬业奉献的客货营销队伍，多年来为公司的飞行安全和经济效益做出了巨大贡献。多年来，公司始终坚持“安全第一、预防为主”的方针和“以人为本、客户至上、诚信服务”的宗旨，在安全工作上强调“精、细、严、实”作风，在服务上坚持“以客为尊，倾心服务”理念，打造了良好的安全文化和服务品牌。公司“金孔雀”乘务组、“云莺”乘务组、昆明中心售票处等单位被共青团中央授予“全国青年文明号”荣誉称号；“金孔雀”乘务组还获得全国“五一”劳动奖状和“全国民航先进集体”，飞行部“凌云”机组也荣获“全国民航先进集体”称号；市场营销部昆明中心售票处被中央文明委授予“全国创建文明行业先进单位”荣誉称号。

2020年10月，被评为全国交通运输系统抗击新冠肺炎疫情先进集体。

作为云南省的基地航空公司，东航云南公司长期以来得到了云南社会各界的关心和支持，一直是云南各族人民出行商务和旅游的首选航空公司。东航云南公司自成立之日起，就始终以服务人民、贡献社会为宗旨，坚持“人民航空为人民”，以服从服务于云南地方经济建设为己任，在谋求自身发展的同时，始终把国家利益、人民利益、社会责任放在第一位。一直以来，东航云南分公司服从服务于云南省建设“绿色经济强省”、“民族文化大省”和中国“连接东南亚、南亚国际大通道”的发展战略，以促进地方经济发展和社会进步为己任。

放眼未来谋发展。合资公司成立后还面临着昆明新机场建设使用和云南“桥头堡”战略实施两大发展机遇。2012年即将建成使用的昆明新机场是中国第四大门户枢纽机场，东航昆明新机场基地项目与昆明新机场同步设计、同步建设、同步使用，有利于合资公司建立先发优势，为未来发展奠定基础。此外，云南省“桥头堡”建设已经上升为国家层面的战略，东航云南分公司作为在云南经营时间最久、机队规模最大、航线网络最完善的基地航空公司，配合云南省“桥头堡”建设战略实施责无旁贷、恰逢其时也大有可为。合资公司将紧紧抓住难得的发展机遇，进一步夯实安全基础，加大安全管理力度和安全文化建设，确保持续安全。同时全力开拓市场，创新经营思路，优化航线网络，努力创造经济效益。服务方面，合资公司将在东航服务品牌基础之上，把云南民族文化和云南消费资源精选出来，给旅客提供民族文化体验和绿色环保美食，让旅客的文化消费和物质消费感受到民族文化和地域特点。

2018年11月07日上午10点30分，由东航云南有限公司波音787-9飞机执飞的MU5801航班，满载乘客经过两个半小时飞行，从昆明起飞顺利抵达上海虹桥国际机场，圆满完成首航。

2018年11月03日，一架注册号为B-206K的波音787-9型梦想客机平稳降落昆明长水国际机场，随着云南首架波音787-9客机加盟东航云南有限公司，云岭之南的航空梦想时代正式拉开序幕，昆明区域航空枢纽建设队伍又添强援。

2022年3月21日，@中国东方航空 发文称，3月21日，东航云南有限公司一架波音737客机在执行昆明--广州航班任务时，于梧州上空失联。目前，已确认该飞机失事。机上人员共132人，其中旅客123人、机组9人。中国东航已启动应急机制，派出工作组赶赴现场。