中国人民解放军南京军区成立于1955年，其前身经历了新四军、华东野战军、第三野战军、华东军区等主要发展时期。是中国人民解放军主管江苏、安徽、浙江、江西、福建、上海五省一市军事事务的大军区，总部设于南京。

中国人民解放军大军区之一，领导和指挥江苏、浙江、安徽、福建、江西五省和上海市境内的所属武装力量。1982年11月，南京军区炮兵、装甲兵、工程兵机关分别缩编为军区司令部炮兵部、装甲兵部、工程兵部。1985年6月，南京军区与福州军区合并，整编为新的南京军区。下辖江苏、浙江、安徽、福建、江西省军区和上海警备区、舟嵊守备区及辖区内的陆军集团军、院校、特种兵等部队。同月，南京陆军学校撤销，南昌陆军学校改称南昌陆军学院。1992年8月，军区司令部炮兵部、装甲兵部、工程兵部、防化部合并为兵种部。1998年10月，军区后勤部改称联勤部，同时成立军区装备部。2016年2月，中央军委重新调整划设战区，组建战区联合作战指挥机构，南京军区番号撤销。党的十一届三中全会以来，聂凤智、向守志、固辉、陈炳德、梁光烈、朱文泉、赵克石、蔡英挺先后任南京军区司令员。廖汉生、郭林祥先后任第一政治委员。彭冲兼任第二政治委员。傅奎清、史玉孝、刘安元、方祖岐、雷鸣球、陈国令、郑卫平先后任南京军区政治委员。

2016年2月1日，随着中国人民解放军东部、南部、西部、北部、中部五大战区的成立，沈阳、北京、兰州、济南、南京、广州、成都等七大军区的番号撤销。