中国人民银行哈尔滨中心支行作为中国人民银行分支机构，由中国人民银行统一领导和管理，并根据其授权履行相关职能。

1949年4月，东北银行在东北解放区组建成立松江省分行和黑龙江省分行。1951年4月，东北银行并入中国人民银行。松江省分行和黑龙江省分行分别改称中国人民银行松江省分行和中国人民银行黑龙江省分行。1952年9月，松江省分行营业部改建为哈尔滨市支行。 1954年2月，改称哈尔滨分行，由中国人民银行总行直辖。同年8月,松江省与黑龙江省合并。松江省分行和黑龙江省分行合并为黑龙江省分行，哈尔滨分行改为哈尔滨市分行。1983年9月国务院决定中国人民银行专门行使国家中央银行职能后，中国人民银行黑龙江省分行和哈尔滨市分行职能随之相应调整。

1998年12月，根据党中央和国务院统一部署和改革方案要求，中国人民银行黑龙江省分行和哈尔滨市分行合并组建中国人民银行哈尔滨中心支行，于1999年1月1日挂牌运行。

2022年，中国人民银行哈尔滨中心支行出台23项政策措施助企纾困。

2023年3月7日，根据国务院关于提请审议国务院机构改革方案的议案，统筹推进中国人民银行分支机构改革。撤销中国人民银行哈尔滨中心支行。

2023年8月18日，中国人民银行黑龙江省分行举行挂牌仪式，恢复省级分行制度，省内原有的城市中心支行更名为市分行。

2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号。

2021年8月，中国人民银行哈尔滨中心支行办公室秘书组被命名为“第20届全国青年文明号“。