中国农业科学院上海兽医研究所的前身为中国农业科学院家畜血吸虫病研究室，成立于1964年10月。1982年2月更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。2006年3月更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。

1964年10月，中国农业科学院家畜血吸虫病研究室成立。

1981年，研究所被国务院学位委员会批准为首批硕士学位培养点。

1982年2月，中国农业科学院家畜血吸虫病研究室更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。

1984年，研究所被批准为博士学位培养点。

1988年，研究所组建了药化研究室。

1989年7月，中国农科院上海家畜血吸虫病研究所更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。

1996年11月，在研究所的基础上组建了农业部动物寄生虫学重点开放实验室。

1999年，研究所建立博士后流动站。

2000年1月在研究所的基础上组建了上海动物生物技术研究中心。

2004年，在所的基础上组建了国家防治动物血吸虫病专业实验室和动物传染病防治研究室。

2006年3月，中国农科院上海家畜寄生虫病研究所更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。

2013年10月，研究所正式加入中国农业科学院科技创新工程。

2017年11月，获评为第五届全国文明单位。

据2017年12月研究所官网显示，研究所设有动物血吸虫病、寄生虫病、动物药学、猪传染病、禽传染病和兽医公共卫生等6个研究室；是中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会、农业部血防专家咨询委员会的挂靠单位；拥有国家级工程技术研究中心1个、国家级实验室1个、农业部实验室3个、中国农业科学院实验室1个、共建研究平台2个。

国家级工程技术研究中心：国家家禽工程技术研究中心（上海）

国家级实验室：国家防治动物血吸虫病专业实验室

农业部实验室：农业部动物寄生虫学重点开放实验室、农业部兽用化学药物及制剂学重点实验室、农业部动物产品质量安全生物性危害因子风险评估实验室

中国农业科学院实验室：中国农业科学院兽药安全评价与兽药残留研究重点开放实验室

共建研究平台：上海国家动物医学研究中心（中国农业科学院与上海市人民政府共建）、动物原虫病研究联合实验室（上海兽医研究所与日本国立原虫病研究中心共建）

据2017年12月研究所官网显示，研究所共有在职职工124名，其中科研人员89名，管理人员19人，支撑和服务人员26人，研究员20名，副研究员27名，具有博士、硕士学位的占科研人员的84%；入选人事部百千万工程和神农计划2人，中华农业英才奖获得者1人，上海市十大科技精英获得者1人，全国农业科研杰出人才2人，国务院政府特贴专家3人，中国农业科学院杰出岗位人才15人（一、二、三级），省部级中青年专家5人，上海市领军人才3人，闵行区拔尖人才和领军人才21人。

百千万人才工程：童光志

神农计划：童光志

中华农业英才奖获得者：童光志

全国农业科研杰出人才：李泽君等

农业部有突出贡献中青年专家：童光志、周金林

国务院政府特殊津贴获得者：童光志、薛飞群等

据2017年12月研究所官网显示，研究所中心仪器室管理的仪器设备近50台，其中20万元以上的大型设备34台，包括电镜、流式细胞仪、共聚焦显微镜等价值百万元以上的超大型设备8台；拥有大小实验室8个，总面积近400平方米，按功能划分为分子生物学平台区、蛋白质组学区、电镜室、流式细胞室、离心机室、制备室等六个区。

据2017年12月研究所官网显示，研究所开通了中国知网（CNKI数据库）、万方数据资源、国研网、ScienceDirect、SpringerLink、Wiley Online Library、Nature Publishing Group（NPG）、Annual Reviews、Oxford University Pess Journals（OUP）、Cambridge University Pess Journals（CUP）、ASM、Taylor & Francis、PNAS、ACS、Poultry Science Association（PSA）、Springer Protocols、Web of Science、Science Online、ProQuset博硕士学位论文全文数据库等科技文献数据库。

据2017年12月研究所官网显示，研究所获各项科研成果奖励61项，其中国家级2项；获得国家发明专利66项；获得国家新兽药证书10项；出版专著53部，发表论文1900余篇。

获奖项目：“农业血防综合治理新技术”荣获寄生虫领域第一个国家科技进步奖、研制成功的抗锥虫新药“盐酸锥双净”获国家一类新兽药证书、抗球虫新药“地克珠利”原料药及预混剂共获得3项国家二类新兽药证书和国家科技进步三等奖、“球虫病免疫预防苗（DLV疫苗）”为中国内地第一个获新兽药证书的球虫病免疫预防疫苗

《中国动物传染病学报》被中国核心期刊（遴选）数据库、中国科技期刊数据库、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）等多家文献数据库收录；被认定为中国学术期刊综合评价数据来源期刊；2002年荣获首届《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖，2006获得全国畜牧兽医优秀期刊一等奖。

据2017年12月研究所官网显示，研究所设有2个学术学位二级学科博士点、3个学术学位二级学科硕士点。

二级学科博士点：预防兽医学、兽药学

二级学科硕士点：预防兽医学、中兽医学、兽药学

据2017年12月研究所官网显示，研究所共有博士生导师18位、硕士生导师50位；拥有在读博士研究生 28名，硕士研究生155名。

蛇绕拐杖的形状似S、H、R，拐杖似I，两侧似V，融入了研究所英文简称SHVRI。

蛇绕拐杖也寓意医术研究更新，追求卓越。“V”字形象征双手，寓意对生命的呵护；“V”字形又象征鸟的翅膀，寓意研究所展翅。

蛇徽由来已久，具有特定的意义：蛇绕拐杖作为医学标记，神仗表示云游四方，为人治病之意，灵蛇则是健康长寿的象徽；蛇每年都蜕皮，代表恢复和更新；拐杖代表人体的脊椎骨，也是中脉所在的位置；蛇沿着中脉升起时，作螺旋状向上推进的活动；蛇活动的这种形态，与人体遗传基因的DNA分析结构极为相似。

据2017年12月研究所官网显示，研究所开展了主题警示教育月、主题党日、安全生产月、团队拓展活动、“英特尔杯”龙舟赛、应急献血实战演练等活动；建立“科学养宠进社区”志愿服务队和“科普教育”志愿服务队，开展暖心帮困工作，组织开展慈善捐助、帮困助学、结对帮扶等活动；注重走廊文化特色，落实“文化上墙工程”“文化视觉化工程”；举办职工运动会、迎新春联欢会、微电影创作大赛、摄影比赛、才艺秀等活动。

2017年11月，中国农业科学院上海兽医研究所获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。