中国农业科学院中兽医研究所，是在
中国科学院西北分院兽医研究室基础上建立的，分院兽医室建立于1956年。1957年机构调整，隶属中国农业科学院,1958年7月该室由兰州市盘旋路迁至小西湖，改名为中国农业科学院中兽医研究所。
1965年，与原西北畜牧兽医研究所兽医部分、中国农科院哈尔滨兽医研究所的药物室、寄生虫室、普通病室合并组成中国农科院替医研究所。1970年下放甘肃省，名为甘肃省兽医研究所。1979年4月，恢复为中国农科院中兽医研究所。
它的主要研究方向和任务是面向全国，中兽医学为主体，运用现代科学技术，继承、发扬中兽医传统诊疗技术和理论，逐步探索、创造具有我国特色的新兽医诊疗理论体系。研究家畜(禽)各类疾病发病机理、病理变化，中西兽医结合防治畜禽病的技术;研究兽医针灸、针麻机理;总结、验证中兽医经验，国内外学术交流.进行开发、应用和应用基础研究。
该所设有内科、外产科、针灸、中药、杭菌素、徽生物、病理生理、营养代谢中毒、生化、化药研究室、科技文献信息室和中心仪器室及家畜病院，有党委办公室、行政办公室及科研管理处等部门。1987年，全所职工206人，科技人员127人，占职工总数的61.65%。具有高级职称者31人，中级职称者们人。
建所以来取得科技成果50余项，26项分别获得国家、部、省、院级科技成果奖。马抓结症、马气喘病、黄疽、
急性肠炎、怀骡母驴妊娠毒血症等中西医结合疗法，在生产中广泛应用。
牛创伤性网胃炎诊断和防治技术在全国推广。研制成功兽药痢菌净、静松灵及灭能剂获得较大经济效益和社会效益.编辑出版《
中兽医医药杂志》，组织编著《中兽医诊断学》、《
新编中兽医学》、《重编校正元亨疗马牛驼经全集》等15种科技书籍。