中国医学科学院医药生物技术研究所创建于1958年，是中国抗感染药物研发的主要单位之一。

中国医学科学院医药生物技术研究所的历史可以追朔到1919年在北平天坛成立的北洋政府中央防疫处。

1939年，研究所迁至云南昆明。

1945年，中央防疫处回迁至北京天坛西里。

1950年，中央防疫处更名为中央政府卫生部生物制品研究所。

1956年8月，中央卫生研究院改组为中国医学科学院。

1958年8月，正式成立中国医学科学院抗菌素研究所。

1971年8月3日，抗菌素研究所并入药物研究所，原抗菌素研究所成为药物研究所抗菌素系。

1979年4月1日，正式恢复抗菌素研究所建制。

1980年11月，南纬路二号院（宣武区）科研大楼投入使用。

1987年，更名为中国医学科学院医药生物技术研究所。

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院医药生物技术研究所拥有职工300余人，包括中国工程院院士2名及多名国家杰青和优青、新世纪百千万国家级人选、“万人计划”科技创新领军人才、国家和部委突贡专家、国务院政府特殊津贴专家等。

中国工程院院士（专职）：甄永苏、蒋建东

新世纪百千万人才工程国家级人选：蒋建东、邵荣光、车永胜

国家杰出青年科学基金获得者：蒋建东、邵荣光、车永胜

国家优秀青年科学基金获得者：彭宗根、贺海燕、付海根、张转、李珂

国家万人计划领军人才：游雪甫、彭宗根

国家万人计划青年拔尖人才：李珂

国家级突出贡献专家：甄永苏

部级突出贡献专家：蒋建东、邵荣光、游雪甫、宋丹青、李卓荣、车永胜

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院医药生物技术研究所下设11个科研部门、5个支撑平台、4个创新单元。

下属科研部门：国家新药（微生物）筛选实验室、微生物化学研究室、有机化学研究室、肿瘤研究室、病毒研究室、药理研究室、生物化学研究室、生物工程研究室、微生物代谢工程研究室、制剂研究室、免疫生物学研究室

支撑平台：中国药学微生物菌种保藏管理中心、药用微生物相关菌（毒）种保藏分中心、分析测试中心、实验动物中心、信息中心

创新单元：卫健委抗生素生物工程重点实验室、抗感染药物研究北京市重点实验室、中国医学科学院药物合成生物学重点实验室、中国医学科学院抗病毒药物研究重点实验室

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院医药生物技术研究所获新药证书及药品注册批件70余件，中国国内外授权专利300余项，100多项科技成果获国家及省部级奖励，累计发表科研论文3000余篇。

《中国医药生物技术》为中国医药生物技术协会会刊，是面向全国医药生物技术研发、应用、产业化、市场管理的综合性学术刊物，该刊设有述评、论著、法规与标准、研发管理与控制、产业论坛、会议纪要、综述、讲座、继续教育园地、讨论与争鸣、新技术与新产品、环球动态、科技园区巡礼、海外见闻、读者来信、书评（或书讯）、人才交流与招聘以及学术活动预告等栏目。

北京协和医学院“微生物与生化药学”学科的依托单位是中国医学科学院医药生物技术研究所，1997年，按照教育部颁布的专业目录，“微生物药学”与“生化药学”专业统一为“微生物与生化药学”。2001年，该学科被评为国家高等学校重点学科，成为中国国内该专业领域的国家重点学科点。

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院医药生物技术研究所拥有在读博硕研究生204人。

中国医学科学院医药生物技术研究所的所徽为是由两个圆圈和长方形组成，寓意研究所的研究方向为医药生物技术。

2021年5月14日，中国医学科学院医药生物技术研究所教育处联合研究生会举办了以“长征永远在路上”为主题的天坛健步走活动。