中国医学科学院基础医学研究所（北京协和医学院基础学院）是中国医学科学院下属的医学科研院所，也是北京协和医学院的教学主体单位之一。

中国医学科学院基础医学研究所（北京协和医学院基础学院）前身为中国医学科学院的实验医学研究所（简称实研所），其基础是北京协和医学院临床前期各学系和中央卫生研究院部分研究室。历史沿革概括起来就是原北京协和医学院临床前期机构的变迁和发展史。

据2024年5月研究所官网数据，中国医学科学院基础医学研究所拥有在职职工341人，其中两院院士6人，国家级人才项目获得者18人，省部级人才项目或人才资助获得者30余人次，课题组长56人，高级职称专业技术人员132人。依托院校准长聘政策、高层次科技人才队伍建设行动计划引进高端人才，拥有准长聘教职30人，其中长聘教授14人、准聘副教授7人、助理教授9人。

中国科学院院士（专职）：强伯勤、沈岩

中国工程院院士（专职）：曹雪涛、刘德培、王辰、张学

国家“万人计划”入选者：张学、蒋澄宇、黄波（领军人才）、陈厚早（青年拔尖人才）、许琪

国家百千万人才工程入选者：沈岩、张学、蒋澄宇、赵春华、黄波、彭小忠、许琪

国家杰出青年基金获得者：刘德培、沈岩、张学、蒋澄宇、张宏冰、彭小忠、赵春华、朱大海、黄波、蒋太交、曹雪涛、许琪、余佳、陈厚早

国家优秀青年基金获得者：许琪、陈厚早、王婧、石磊、王芳、王晓月、马艳妮、王冬来

据2024年5月研究所官网数据，中国医学科学院基础医学研究所共设置13个学系，拥有5个国家级教学科研平台中心，承担着中国医学科学院-北京协和医学院医学科研和医学教学两大任务。

全国重点实验室：重大疾病共性机制研究全国重点实验室

国家级教学科研平台中心：医学分子生物学国家重点实验室、国家生物医学实验细胞资源库、国家发育和功能脑组织资源库、国家人口与健康科学数据共享平台基础医学数据中心、国家级基础医学实验教学示范中心

科研教学机构：病理生理学系、生理学系、生物物理及结构生物学系、生物医学工程学系、流行病学和卫生统计学系、生物化学与分子生物学系、医学遗传学系、免疫学系、药理学系、细胞生物学系、人体解剖与组织胚胎学系、病原生物学系、病理学系

据2024年5月研究所官网数据，中国医学科学院基础医学研究所实验动物中心工作面积约1400平方米，其中SPF级IVC动物饲养室约800平米，普通级动物饲养室200平米，实验平台及辅助设施共400平米。

据2024年5月中心官网数据，中国医学科学院基础医学研究所中心实验室拥有MMI激光显微切割，单细胞分选及光阱操纵联用系统、Visitron共聚焦-FRAP-TIRF-宽场活细胞成像系统、光散射仪、奥林巴斯共聚焦显微镜、奥林巴斯双光子显微镜、循环肿瘤细胞分选捕获系统、数控剪切流活细胞自动分析平台、活细胞高速激光共聚焦实时成像分析系统、莱卡激光扫描共聚焦显微镜、aminis成像流式、Helios质谱流式细胞仪、流式细胞分选器ARIA II、流式细胞计C6、流式细胞计EPICS XL、流式细胞计GALLIOS等各类仪器设备。

据2024年5月研究所官网数据，中国医学科学院基础医学研究所组织病理中心拥有石蜡切片机、冷冻/冰冻切片机、自动包埋机、自动脱水仪、自动染色机、原位PCR仪、多功能荧光显微镜及CCD、免疫组化等实验设备。

2022年11月9至11日，首届中国医学基础学科发展大会在北京举办。该次大会以“筑根基、促创新、济民生”为主题，由中国医学科学院北京协和医学院主办、中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院承办。

据2024年5月研究所官网数据，中国医学科学院基础医学研究所承担国家重点研发计划、科技创新2030、国家重大科技专项、科技基础资源调查专项、国家自然科学基金（基础科学中心项目、重大项目、重点项目、杰出青年基金项目、优秀青年科学基金项目、海外优青基金项目）、国际合作项目、北京市科技计划、教育部/外国专家局创新引智计划等国家级科研项目。多篇文章发表于国际期刊Science、Cell、Circulation、Nature Cell Biology、Nature Immunology、Nature Metabolism、Nature Medicine、Nature Communications、Science Immunology、Science Advances、Cell Host and Microbe、Cancer Cell等杂志。2000年以来，获国家级和省部级科技奖励34项，其中国家自然科学奖二等奖3项、国家技术发明奖二等奖1项、国家科技进步奖二等奖1项。申请发明专利486项，授权221项（含国外专利20项）。

《基础医学与临床》是由北京市科学技术协会主管，北京生理科学会主办，中国医学科学院/北京协和医学院基础医学研究所和北京协和医院共同承办、编辑出版的综合性基础医学与临床医学专业期刊。该刊前身为“生理科学”，于1981年创刊，1984年面向全中国公开发行，1990年正式更名为“基础医学与临床”，自2005年起改为月刊。

中国医学科学院基础医学研究所承担着北京协和医学院八年制医学专业本科生、“4+4”临床医学生、护理学本科和硕士、博士研究生的教学任务，是国家首批博士学位和硕士学位授予单位。牵头的基础医学学科在第五轮学科评估中获得A+，牵头的生物学学科（基础医学支撑）、参与的药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学学科均入选新一轮“双一流〞建设名单。生物学（生化及分子生物学、细胞生物学、遗传学、生物物理学、生理学）为国家一级重点学科；药理学、免疫学和病理-病理生理学为国家二级重点学科。

据2024年5月研究所官网数据，中国医学科学院基础医学研究所拥有博士生导师63人，硕士生导师35人，在读研究生517人，并设有基础医学博士后流动站。

2012年，北京协和医学院获中华人民共和国财政部“小规模特色办学”经费支持，教学实体化迈出重要一步，教育教学改革工作取得明显成效。生理学和药理学教研室入选中华人民共和国教育部虚拟教研室建设项目，多门课程入选中华人民共和国教育部课程思政示范课、北京高校优质本科课程、校级一流本科课程等；多个教学团队获课程思政教学团队、北京市优秀本科育人团队等荣誉称号，多名教师获全国及北京市教学教务比赛奖项。

中国医学科学院基础医学研究所所徽由盾牌、蛇杖、基因组组成，盾牌上方为研究所英文简称，外圈分别中国医学科学院和北京协和医学院英文名称、书本、麦穗和研究所及学院的中文名称。

工作方针：增强定力、激发动力、汇聚合力、精准发力

2023年11月30日，中国医学科学院基础医学研究所以“健康向未来”为主题的职工趣味运动会，在吴宪大楼地下篮球场举办。