中国医学科学院药用植物研究所海南分所创建于 1960 年，隶属国家卫健委，是中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所的下设机构，是海南省唯一专业从事南药资源保护、引种栽培和开发利用的国家级公益一类研究所，是世界卫生组织传统医学研究合作中心。药植所海南分所建有世界上保存南药物种最多的兴隆南药园，全球唯一以超低温方式保存顽拗型药用植物种子的国家南药基因资源库（国家基本药物所需中药材种质资源库），以及获 CMA 资质的沉香鉴定中心。

1960年，由中国医学科学院药物研究所在海南省万宁市兴隆镇创建“海南药用植物试验站”。

1973年，“海南药用植物试验站”划归广东省卫生局主管。

1978年，经国务院批准，“海南药用植物试验站”仍归卫生部中国医学科学院药物研究所管理。

1983年，卫生部同意将药物研究所下属的三个药用植物试验站（场）改建为研究所，“北京西北旺药用植物试验场”，“海南药用植物试验站”改建为“中国医学科学院药用植物资源开发研究所海南分所，由“药用植物资源开发研究所”直接领导。

1994年，经中央机构编制委员会批准，“中国医学科学院药用植物资源开发研究所海南分所”更名为“中国医学科学院药用植物研究所海南分所”。

药植所海南分所已形成“一所两地”研发战略布局，建成了一系列国家和省部级南药研究平台。新建成的海口南药研发中心位于海口国家高新区药谷工业园，占地近 40 亩，定位于引领中国南药基础研究；兴隆南药研发基地位于万宁兴隆，占地 220 亩，定位于南药种质资源的保存、保护研究，以及世界知名南药试验示范基地，产业化中试和展示培训基地。

药植所海南分所建有科技部“南药可持续利用”国际科技合作基地，国家中医药管理局国家基本药物所需中药材种子种苗基地、国家中医药管理局沉香可持续利用重点研究室、国家中医药管理局南药引种栽培三级实验室、海南省沉香、降香等芳香南药工程研究中心、海南省南药资源保护与开发重点实验室、海南省中药材种子种苗检测实验室、海南省南药现代化科技产业基地等。

药植所海南分所承担了国家和省部级南药研究课题和平台项目100 余项，累计牵头的项目资金超过2 亿元，包括第一个南药研究的国家科技支撑计划项目，海南省中药资源普查项目等。先后获得国家和省部级科技成果 10 余项，包括国家科技进步二等奖、海南省科技进步特等奖、中国专利优秀奖等，登记公告的研究成果 30 余项，申报专利 30 余项，牵头制定国家和海南地方标准100余项，发表各类科技论文200 余篇，主编出版反映海南省中药资源种类和特点的大型专著《中药资源大典（海南卷）》和南药引种栽培专著《中国南药引种栽培学》。

药植所海南分所在我国南药引种栽培、南药资源调查、沉香形成机制和结香技术等方面的研究世界领先，开创性完成海南省中药资源普查，建成了国家南药基因资源库、海南省中药标本馆和海南省中药资源信息系统；发明的沉香通体结香技术已在海南和全世界应用近 40 万株，是迄今全球应用最广的结香技术，解决了全世界沉香结香难题，关键技术支撑了海南的 “香岛”建设和全国十余家沉香企业发展，被国家濒管办誉为中国为世界濒危物种保护做出中国贡献的典范物种之一。药植所海南分所作为海南省和国家南药发展主要智库之一，协助海南省政府编制《国家中药现代化科技产业（海南）基地建设规划》、《海南省中药材保护与发展实施意见》等。

药植所海南分所拥有一支精干有力专业从事南药研究和成果转化的人才队伍，其中资源学、栽培学、分子生物学、化学、药理学等专业研发人员 80 余人（包括正、副研究员 20 余人，绝大部分科研人员有硕士或博士学位），技术产业化转化队伍 100 余人，拥有科技部“国家创新人才推进计划重点领域创新团队”等。