北京协和医学院（Peking Union Medical College），位于北京市东城区，由国务院卫生行政部门主管，与中国医学科学院实行院校合一管理体制的中国最高医学研究机构和最高医学教育机构。学校位列国家“双一流”建设高校、入选卓越医生教育培养计划、医学“双一流”建设联盟成员。

1906年，英国伦敦教会在清朝慈禧太后和清政府的支持下，在北京创办了协和医学堂。随后长老会、美以美会、内地会、伦敦教会医学院和英格兰教会也加入其中。协和医学堂（Union Medical College）成为由英美教会在中国合办的第一所医学院校。

1915年，洛克菲勒基金会收购了协和医学堂，并将新学校的名称改为“北京协和医学院”。1916年7月，基金会斥资24万银圆，购下了清朝“八大铁帽子王”之一的豫亲王府，作为学院校址。1917年9月24日，北京协和医学院在豫王府举行奠基仪式。

1921年，柯立芝设计的协和建筑群竣工，同年9月，举办了极为隆重的协和建筑群落成典礼。20世纪初，国际国内社会环境及创办者拥有的雄厚资本，为协和医学院及协和医院的建立提供了有利条件，学院很快进入国际医学教育先进行列，并随着国内各医学院校毕业生来院进修，迅速成为中国的医学中心。

1924年，协和医学院的第一届学生毕业，共有三个人，协和追求的就是“小、精、尖”的育人体制，实行的就是残酷的逐年级淘汰制度。在随后的20年间，协和医学院只毕业了311人，数量不多，但质量很高。1949年以前，协和医学院的毕业生会获得纽约州立大学的医学博士学位，同时协和护校毕业生将拥有美国注册护士资格。

1941年12月，日军占领学校，被迫停办。学校下属护校于1943年9月在成都借华西大学及医院部分校舍和设备条件重建护校，1946年6月，返回北平。1948年，学校收回全部校舍，在北平复校。1951年，中央人民政府教育部和卫生部接管私立北平协和医学院，学校改名为中国协和医学院。

1952年，中国协和医学院划归中央人民革命军事委员会建制。1953年，学校停止招生，并向干部进修学院过渡。1956年，学校划归中央卫生部领导。

1957年，中国协和医学院与中国医学科学院合并。1959年由中国医学科学院筹备，恢复长学制的医学院，命名为中国医科大学。1970年学校停办，后于1978年学校恢复办学，改名为中国首都医科大学。1985年，学校改名为中国协和医科大学。

1996年10月，学校顺利通过国务院学位办对33所研究生院的合格评估并正式挂牌。

2006年9月5日，教育部和卫生部共建北京协和医学院（清华大学医学部）大会暨揭牌仪式在人民大会堂举行，中国协和医科大学正式更名为北京协和医学院（清华大学医学部）。同年，“协和医学院旧址”被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。

2017年9月，北京协和医学院入选国家双一流建设高校。

2021年12月26日，北京协和医学院马克思主义学院揭牌成立。2023年7月19日，中国医学科学院北京协和医学院与中国医科大学签署战略合作框架协议，院校长王辰与中国医科大学党委副书记、校长王振宁共同签署《中国医学科学院北京协和医学院 中国医科大学战略合作框架协议》。

2024年6月12日，北京协和医学院脑和类脑学院揭牌成立。

截至2024年6月，学校拥有19个研究所，并设有9个学院，共有2个本科专业。

截至2022年2月，学校有7个博士后科研流动站、一级学科博士授权专业点9个、一级学科硕士授权专业点3个；国家“双一流”建设学科5个，国家重点一级学科2个，国家重点二级学科8个，国家重点三级学科2个，国家重点培育学科1个。此外，院校有2个学科进入ESI全球前 1‰行列（临床医学、药学），拥有13个ESI全球前1%学科，教育部第四轮学科评估中有7个A类学科。

截至2023年12月，学院已建设有12门国家级精品在线开放课程，MOOC课程6门，SPOC课程22门。2023年，学校共开设本科生公共必修课、公共选修课、专业课共140门，207门次。2022年共出版教材13种（学校教师作为第一主编）。2023年组织遴选和推荐学校64名老师申报人卫出版社规划教材的主编、副主编及编者，涉及学科包括临床医学、公共卫生、护理学等学科。学院建设有黄大年式教师团队3个，省部级教学团队5个，国家级课程思政教学团队2个，省级课程思政教学团队5个。

截至2024年6月，学校拥有院校现有两院院士24人、国家杰青56人，博士生导师1032名、硕士生导师1231名。

2017年，学校与牛津大学签署合作协议，在牛津大学正式成立“中国医学科学院牛津研究所（CAMS-Oxford Institute，COI）” ，主要研究目标是促进恶性肿瘤，传染性疾病等重大疾病免疫机制及新药开发的研究。2018年，医科院与美国国家医学科学院签署健康长寿项目备忘录，共同筹备合作项目的启动；2019年，院校组织召开南山峰会，为积极应对老龄化凝聚全球共识，贡献中国方案；2020年，院校克服疫情影响，与美国医学科学院合力推进项目的落实，成功举办第一届中国健康长寿创新大赛。2020年，中国医学科学院与牛津大学成功举办COVID-19网络视频研讨会。

截至2024年6月，学校拥有国家级重点实验室6个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地15个、省部级实验室59个等。

截至2019年，学院在2016-2019年期间共获得国家科技进步奖二等奖9项、教育部高校科研优秀成果奖18项、北京市科技奖20项、其他省市科技奖（天津、云南、四川）19项、中华医学科技奖29项、华夏医疗保健科技奖23项、中华预防医学奖5项、中华中医药学会奖4项、中西医结合科技奖2项、中国高校科技十大进展1项、中国生命科学十大进展1项、中国医学科学院-梅里埃研究院青年科学家奖3项，合计134项。

截至2024年6月，中国医学科学院/北京协和医学院医学信息研究所/图书馆馆藏外文印本期刊3400余种，2200余种为独家刊，国内外医药领域专业数据库百余种。建有中国生物医学文献服务系统，建成生物医学科技论文预印本、医学健康舆情、西太平洋地区医学索引、公众健康知识服务等系列平台。

《中国医学科学院学报》为双月刊，主要设有院士论坛/述评、专家论坛/述评、论著、综述、技术方法、经验交流、研究简报、论著摘要、病例报告、科技消息、书评等栏目，被美国生物医学文献联机数据库Medline（PubMed、网络版）、荷兰医学文摘数据库（EMBASE）、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA）、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（WPRIM）、世界卫生组织《医学增补文摘》光盘数据库（ExtraMED）、波兰《哥白尼索引》（IC）、日本科学技术振兴机构中国文献数据库（JST）等数据库收录。

《Chinese Medical Sciences Journal》 (中国医学科学杂志)是由中国医学科学院编辑和出版的高级综合性医学刊物。为季刊，64页，大16开本。本刊旨在向国外介绍中国在医学科学方面所取得的成果（包括基础医学及临床医学），以促进国际间的学术交流。本刊设有述评、论著、综述、短篇报道、研究简讯、会议报道等栏目。编委会由国内著名的医学研究所及大学的近四十名专家组成，另外尚有17名国际编委。

《医学信息学杂志》是由国家卫生健康委员会主管、中国医学科学院主办、中国医学科学院医学信息研究所编辑出版的国家级刊物，月刊；是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、RCCSE中国核心学术期刊。主要栏目有专论、医学信息研究、医学信息技术、医学信息资源管理与利用、医学信息教育。

《中国卫生政策研究》杂志是国家卫生健康委员会主管，中国医学科学院主办，医学信息研究所和卫生政策与管理研究中心承办的卫生政策与管理领域专业学术期刊。主要栏目是专题研究、医改评论、医疗保障、药物政策、社区卫生、农村卫生、医院管理、国际卫生、公共卫生、理论探索、经验借鉴、书评等。

《医学研究杂志》（原名《医学研究通讯》，2003年更名），于1972年创刊,为中华人民共和国国家卫生健康委员会主管,中国医学科学院主办,中国医学科学院医学信息研究所《医学研究杂志》编辑部编辑出版的国家级医学学术杂志。主要栏目有：专家论坛、特别关注、医学前沿、论著、综述与进展、医学教育等。

《中国医药导报》杂志是国家卫生健康委员会主管、中国医学科学院主办的医学综合类科技核心期刊，是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、美国化学文摘（CA）收录期刊、美国《乌利希期刊指南（网络版）》收录期刊、中国科技论文与引文数据库收录期刊、中国学术期刊网络出版总库收录期刊、中国生物医学文献检索分析数据库收录期刊、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库收录期刊。

《中国现代医生》杂志是由国家卫生健康委员会主管，中国医学科学院主办的国家级医疗卫生专业学术期刊。中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，中国核心期刊（遴选）数据库、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库-CMCC和中国生物医学期刊引文数据库-CMCI收录期刊，并被浙江、陕西等多数省（自治区、直辖市）的卫生主管部门列入《评审卫生高级专业技术资格》发表学术论文的指定刊物，所刊登的文章被万方数据-数字化期刊群和万方医学网、中国知网和中国学术期刊网络出版总库、中文科技期刊数据库全文收录。

院校徽章为璧形，寓意为中西合璧，其绿色和白色象征生命的常新与永恒，整体体现院校为生命科学的发展团结奋进的精神。其内容包括盾牌、殿堂、桂冠、玉兰、绶带及院校中英文名称。徽章上方的“协和盾牌”象征抵御疾病、护佑生命，是由校名中的“和”（协和、人和）与“U”（Union或Unity）对应而成。“和”为草书，如飞动的蛇杖，它源于古希腊传说中的医神阿斯克勒庇俄斯手杖和使神赫耳墨斯手杖，象征神奇的医术和中立的医德，是国际公认医用标志。下面翻开的书本象征开卷有益，其左右记载的“1917”、“1956”分别是校奠基与院命名的时间。神杖、圣蛇、书本分别象征科研、医疗、教学。盾徽既为璧徽组成部分，也可独立使用。

学院校训为：严谨，博精，创新，奉献。其概括和集中体现了医学的科学性和人文性，也描绘了协和的历史和愿景。严谨，博精，是科学作风、科学精神；创新，奉献，是人文作风、人文精神。

学院校歌为《协和颂》，由格林·韦伯斯特作词作曲，桐树翻译。

在北京协和医学院3号楼两侧连接2、4号楼的两个弧形画廊，被称为“协和画廊”，因曾被改造成办公场所而加装顶棚，使其内檐彩画得以留存。经文物专家鉴定，这是一处民国初年彩画，兼具中西绘画风格，其用心、用技、用料、用工之精深，成本之巨大，是彩画中的精品，展现了中西合璧的艺术特色和丰富的历史内涵。

医学院旧址建筑有“中国式宫殿里的西方医学学府”之称。有礼堂、教学楼、病房、宿舍、仓库等，除“A”楼礼堂外，其余各栋均由连廊相连，每楼多为三到五层，均为砖木结构，仿清代官式宫殿建筑。该建筑群规模宏大，建筑质量较高。1984年定为北京市文物保护单位。2006年5月被国务院定为第六批全国重点文物保护单位。