中国自然资源经济研究院是中华人民共和国自然资源部直属的正局级事业单位。

1976年，经国家地质总局批准，组建地质机械仪器设计院。

1978年，更名为国家地质总局地质勘查技术研究设计院，并增设国家地质总局地质经济研究室。

1982年，更名为地质矿产部地质技术经济研究中心。

1989年，更名为中国地质矿产经济研究院，定位为国家和部门决策的智囊机构，研究重点从微观向宏观转变。

1998年，更名为中国国土资源经济研究院。

2018年，更名为中国自然资源经济研究院。

据2024年1月研究院官网数据，中国自然资源经济研究院共有在职职工278人，其中，专业技术人员202人，高级职称143人，博士、硕士160人。

自然资源部青年科技人才入选者：岳永兵、赵祺彬、周璞

据2024年1月研究院官网数据，中国自然资源经济研究院设有业务机构20个，并设有1个国家级科研平台。

国家级科研平台：自然资源部资源环境承载力评价重点实验室

所属业务机构：自然资源改革研究所、自然资源战略与规划研究所、自然资源所有者权益研究所、自然资源与生态评价研究所、自然资源法规研究所、自然资源开发利用研究所、自然资源资金运用研究所、环境经济研究所、地质勘查行业研究所、矿产资源规划研究所、矿产资源经济研究所、矿产资源保护与利用研究所、矿业权管理研究所、矿业绿色发展研究所、自然资源标准化研究所、自然资源预算定额研究所、研究院重点实验室、自然资源经济信息研究中心、《中国国土资源经济》编辑部、中国地质矿产经济学会办公室

挂靠单位：中国地质矿产经济学会秘书处、全国自然资源与国土空间规划标准化技术委员会秘书处、自然资源经济研究博士后科研工作站

据2024年1月研究院官网数据，中国自然资源经济研究院院区面积120亩，建有卫生所、食堂等后勤保障设施；建有排球场、篮球场、羽毛球场等室内外运动场馆；办公设施建有科研楼、情报楼和图书馆。

2020年11月20日，中国自然资源经济研究院入选“第六届全国文明单位”名单。

截至2021年底，中国自然资源经济研究院累计完成各类科研项目1696项，承担并完成国家科技攻关项目和各类基金项目61项，获得省部级以上成果奖180项，公开发表学术论文6800余篇，153项成果获部领导肯定性批示，提交的29项调研报告被评为部优秀调研报告，自主研发的13个计算机系统获得国家版权局颁发的“计算机软件著作权登记证书”。

《中国国土资源经济》是由中华人民共和国自然资源部主管、中国地质矿产经济学会和中国自然资源经济研究院共同主办、向中国国内外公开发行、刊载自然资源经济领域最新研究成果的学术性期刊，是中国地质矿产经济学会会刊。辟有“特约专稿”“资源经济”“资源产业经济”“环境经济”“资源行政管理与法制建设”“特别策划”“技术经济与管理”“学习与借鉴”“热点评述”“学会动态”“企业经营管理”等栏目。

中国自然资源经济研究院研究院院徽由椭圆形、两个地质锤和研究院的斜体英文缩写组成，下方为研究院的中英文名称。

2019年9月29日，由中国自然资源经济研究院举办了“壮丽七十载，奋进新时代”职工文艺演出。