西南菌种站正式成立于1979年，挂靠
四川省食品发酵工业研究设计院，是我国西部唯一的和最大的省级工业微生物菌种保藏机构，是
中国工业微生物菌种保藏管理中心八大分站之一。
西南菌种站（Southwest Center Of Industrial Culture Collection In China，SICC）即四川省工业微生物菌种保藏管理中心（Sichuan Center Of Industrial Culture Collection，SICC），是
中国工业微生物菌种保藏管理中心八大分站之一。
西南菌种站正式成立于1979年，挂靠
四川省食品发酵工业研究设计院，是我国西部唯一的和最大的省级工业微生物菌种保藏机构。
西南菌种站作为一个基础性、公益性、非营利性的资源保藏与技术服务支撑机构，其宗旨和任务是，对国内食品、发酵、轻化工、环保及农副产品深加工等领域应用的工业微生物菌种资源进行收集、保存、鉴定、评价与管理，并供应国内的教育、科研及生产所需要的菌种，最大限度的实现微生物资源的保护、共享和持续利用。
西南菌种站的菌种收集保藏起始于20世纪40年代，经过60多年菌种收集、积累、保藏，保藏国内外工业微生物菌种种类繁多，数量达3000余株，主要包括细菌、
酵母、丝状真菌、担子菌和放线菌等五大部分。
西南菌种站的大部分菌种收集于生产一线，都具有一定的生产或研究价值，基本覆盖了食品与发酵行业各类生产和科研用微生物，其中许多优良菌种的生产性能具有较高水平。本站向全国二十多个省市的数百个企业、科研院所及大专院校提供了数万余株各类微生物菌种及相关信息材料，有力地推动了我国食品发酵及相关应用产业生物技术的发展，创造了显著的社会效益和经济效益，为国家经济建设做出了重要贡献。本站经过近30年的建设，尤其是通过国家和四川省资源平台项目的支持，已具备了齐全的菌种保藏设备及菌种分离、选育、鉴定、评价、管理与利用研究的专业人才、技术手段和设施条件。
酒精酵母、白酒酵母、
啤酒酵母、果酒酵母、清酒酵母、黄酒酵母、饲料酵母、食用与药用酵母、干燥酵母、甘油酵母、
面包酵母、酱油酵母、蛋白转移酶酵母、生香酵母、解脂酵母、多元醇酵母、甘露醇酵母、柠檬酸及异柠檬酸酵母等；
酱油米曲霉、黄曲霉、
寄生曲霉、溜曲霉、近橄榄色曲霉；醋用黑曲霉、溜曲霉、平展米曲霉，清酒米曲霉、寄生曲霉；酒精白曲霉、米曲霉、柱黄曲霉、平展米曲霉、黑曲霉；白酒米曲霉、黑曲霉、根霉、红曲霉；柠檬酸黑曲霉、炭黑曲霉、塔宾曲霉、泡盛曲霉、
日本曲霉、
无花果曲霉、海枣曲霉；曲酸平展米曲霉；衣康酸土曲霉；甘露醇米曲霉；果胶酶黑曲霉、黄曲霉、米曲霉；强活性纤维素酶、
半纤维素酶、果胶酶等多酶黑曲霉；聚糖酶黄叉曲霉；蛋白酶
栖土曲霉、米曲霉、黑曲霉；糖化酶黑曲霉、泡盛曲霉；饲料链胞霉；
腐乳毛霉、根霉；白腐菌；褐单梗曲霉；燕麦曲霉；青霉、拟青霉等。