中国水产科学研究院渔业工程研究所位于北京市，是我国从事渔业工程技术的专业研究机构。
中国水产科学研究院渔业工程研究所，1978年成立于青岛，1997年经农业部批准迁至北京，原中国水产科学研究院水产规划设计所和渔船设计研究室并入渔工所。全所现有职工44人，其中科技人员39人，高级职称专家17人。
渔业工程研究所是我国从事渔业工程技术的专业研究机构，承担了我国渔港与渔场工程、设施渔业（基础设施、冷藏加工）与养殖工程、渔业信息工程、渔业防灾减灾技术、行业标准规范的规划设计与研究工作，承担着农业部渔港、渔政船项目的评审和渔港项目立项计划的核定、全国渔港建设规划的编制以及渔港、原良种体系建设、引育种中心项目的检查等任务。
渔业工程研究所作为我国唯一的从事渔业工程技术的专业研究所，为实现我国从渔业大国向现代化渔业强国的转变，在渔业工程研究方面做了大量的工作，建所以来，取得研究设计成果140余项，其中获得国家级奖励2项，省部级奖励8项，院科技进步奖两项，造就了一支较高水平的科技设计队伍，是我国渔业领域一支重要的科技力量。
渔业工程研究所目前下设四个研究中心（室）和2个功能实验室，分别是渔港与渔场工程研究室、设施渔业工程研究室、渔业防灾减灾研究中心、渔业信息工程研究中心、渔港工程功能实验室和渔业信息工程功能实验室。