中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所创建于1963年5月，是中国从事渔业装备与工程及相关学科的应用基础研究和关键技术研发的研究机构。

1963年5月，中华人民共和国水产部渔业机械仪器研究所，并建立党支部。

1964年10月，渔机所党支部更名为渔机所党总支。

1970年5月，水产部撤销后，渔机所划归农林部。11月，经国务院批准，农林部将渔机所下放给上海市，更名为上海市渔业机械仪器研究所，归属上海市水产局。

1973年，《渔业现代化》杂志创刊。

1978年5月，渔机所划归国家水产总局，更名为国家水产总局渔业机械仪器研究所。

1980年5月，所党总支更名为基层党委。

1982年，国家水产局与农业部、农垦部合并成立农牧渔业部，8月，农牧渔业部决定自10月1日起，将渔机所划归中国水产科学研究院管理，更名为中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所。

2005年起，渔机所连续五届获得上海市文明单位荣誉称号。

2013年，中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所博士后科研工作站经国家人事部批准设立。

据2018年1月渔机所官网显示，渔机所拥有1个国家质量监督检验中心、1个国家研发分中心、1个农业部重点实验、1个农业部研究中心、1个农业部工程技术中心、1个农业部质量监督检验测试中心、1个农业部鉴定站、1个农业部审图中心、1个中国水产科学研究院工程技术研究中心、1个中国水产科学研究院重点实验室、1个中国水产科学研究院重点开放实验室、1个科研公司、3个中试基地、6个渔机所研究室。

国家质量监督检验中心：国家渔业机械仪器质量监督检验中心

国家研发分中心：国家水产品加工装备研发分中心（上海）

农业部重点实验：农业部渔业装备与工程技术重点实验室

农业部研究中心：农业部渔业船舶与装备研究中心

农业部工程技术中心：农业部长江流域生态修复工程技术中心

农业部质量监督检验测试中心：农业部环保机械设备及船用产品质量监督检验测试中心

农业部鉴定站：农业部农业机械试验鉴定总站海洋捕捞与养殖机械专业站

农业部审图中心：农业部渔业船舶检验局审图中心（上海）

中国水产科学研究院工程技术研究中心：中国水产科学研究院渔业船舶与装备工程技术研究中心

中国水产科学研究院重点实验室：中国水产科学研究院水产健康养殖系统工程重点实验室

中国水产科学研究院重点开放实验室：中国水产科学研究院渔业水体净化技术和系统研究重点开放实验室

科研公司：上海华夏渔业机械仪器工贸公司

中试基地：渔业装备实验中试基地（松江）、工业化养殖中试基地（南通）、池塘生态工程中试基地（松江）

渔机所研究室：工业化养殖研究室、生态工程研究室、海洋渔船与装备研究室、加工装备研究室、质量与标准化研究室、信息与战略研究室

据2018年1月渔机所官网显示，渔机所共有在职职工180余人，其中科技人员150多人，副高级以上专业技术人员45人。

研究首席专家：徐皓、谌志新

学科带头人：陈军、倪琦、刘兴国、沈建、梁建生

研究生导师：徐皓、陈军、倪琦、吴凡、刘兴国、谌志新、沈建、刘晃、杨菁、王小冬

据2018年1月渔机所官网显示，渔机所拥有精密仪器室1个，实验室管理的大型仪器（20万元以上）设备合计60台套，原值总计3121万元；原值20-30万元仪器23台套，原值合计582万元，包括多功能酶标仪、离子色谱仪、频谱分析仪、全自动定氮系统、三维激光成像仪、自动生化仪、自动氨氮在线分析系统、物性测试仪、便携式水质分析仪系统、厌氧工作站、有机碳分析仪等；原值30-50万元仪器13台套，原值合计536万元，包括浮游植物叶绿素荧光仪、荧光定量PCR仪、全自动定氮分析系统等；原值50-100万元仪器20台套，原值合计1370万元，包括高效液相色谱仪、实验室微电极系统、原子吸收光谱系统等；原值100万元以上大型仪器4台套，原值计632万元，包括液质联用仪、同位素质谱仪。

据2018年1月渔机所官网显示，渔机所取得了190多项重要科研成果，获得省部级以上科技成果奖励83项（次），其中国家级奖励12项；渔机所针对渔业生产的需求，为渔业装备现代化研发了诸多的新技术、新产品，80%的科研成果在渔业生产上得到应用，在全国20多个省（市、自治区）建立了渔船标准化、循环水养殖、池塘生态、水产品加工等科技示范点。

《渔业现代化》以水产养殖工程及渔业装备为专业特色，重点报道渔业水体净化技术、工厂化循环水养殖技术与设备、池塘生态养殖工程，以及各类新型渔业机械及其应用，主要刊载渔业水体净化、循环水养殖系统、池塘生态养殖、水产品加工与综合利用、饲料与营养、渔业资源与环境、渔船与捕捞、渔业机械开发与应用、渔业节能减排、国内外渔业科技进展等内容，是中文核心期刊、中国科技核心期刊。

据2018年1月渔机所官网显示，渔机所拥有1个博士后科研工作站。

博士后科研工作站：中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所博士后科研工作站

研究所标识分为所徽和所标，由渔业机械仪器演化而来的艺术图案。

发展精神：团结、务实、高效、创新

发展目标：国家渔业装备与工程研发中心

发展方针：承前启后，内敛实力，外争机遇

价值观：为社会进步做贡献，为全体职工谋求物质和精神上的幸福