中国水产科学研究院黑龙江水产研究所创建于1950年，是淡水水产科研机构，隶属于农业部中国水产科学研究院。

1950年6月，东北人民政府农业部哈尔滨水产试验场建立，隶属于东北人民政府农（林）部，场址设在原松江省哈尔滨市道里区炮队街183号（现通江街159号）。

1954年7月，东北行政撤消，原松江省和黑龙江省合并，东北人民政府农业部哈尔滨水产试验场归属黑龙江省农业厅。

1956年1月，东北人民政府农业部哈尔滨水产试验场划归黑龙江省商业厅水产局领导。

1958年10月，为适应水产事业发展的需要，东北人民政府农业部哈尔滨水产试验场改称为黑龙江省水产科学研究所。

1969年12月，所址迁往哈尔滨市道外区松浦永胜路156号。

1978年11月，根据国家经济发展需要，黑龙江省水产科学研究所划国家水产总局，实行总局与地方双重领导，行政归总局，党的关系在地方，同时以水系黑龙江命名，改称“国家水产总局黑龙江水产研究所”。

1980年10月，国家水产总局黑龙江水产研究所迁入扩建新址——哈尔滨市道里区华兴五道街20号（现为松发街43号）。

1978年6月，中国水产科学研究院成立。

1982年10月，国家水产总局黑龙江水产研究所划归中国水产科学研究院领导，并更为中国水产科学研究院黑龙江水产研究所。

1988年，《水产学杂志》创刊。

1996年，黑龙江所被农业部评为全国农业“百强研究所”。

2006年，黑龙江所在全国农业科研机构综合能力评估中，全国排名第21位，农业部直属科研机构中排名第8位。

据2018年研究所官网显示，研究所设有6个科研业务部门，拥有国家级实验室1个、国家级联盟1个、部级重点实验室2个、部级科学观测实验站1个、部级质量监督检验测试中心1个、部级生态环境检测中心1个、部级质量安全风险评估实验室1个、省级重点开放实验室1个、省级研究中心1个、院级重点实验室1个、院级研究中心1个、科研实验及中试基地2个、与中国水产科学研究院共建1个技术工程中心。

国家级实验室：淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室

国家级联盟：冷水性鱼类产业技术创新战略联盟

部级重点实验室：农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室

部级科学观测实验站：农业部黑龙江流域渔业资源环境重点野外科学观测试验站

部级质量监督检验测试中心：农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（哈尔滨）

部级生态环境检测中心：农业部黑龙江流域渔业生态环境检测中心

部级质量安全风险评估实验室：农业部水产品质量安全风险评估实验室

省级重点开放实验室：黑龙江省冷水性鱼类种质资源及增养殖重点开放实验室

省级研究中心：黑龙江省冷水性鱼类育种工程技术研究中心

院级重点实验室：中国水产科学研究院特殊生境鱼类种质特性与抗逆育种重点实验室

院级研究中心：中国水产科学研究院盐碱水域渔业工程技术研究中心

科研实验及中试基地：黑龙江水产研究所渤海冷水性鱼类试验站、黑龙江水产研究所呼兰水产试验场

研究所技术工程中心：鲟鱼繁育技术工程中心（与中国水产科学研究院共建）

研究所科研业务部门：遗传育种与生物技术研究室、养殖研究室、资源研究室、环境研究室、信息中心、科学试验中心

据2018年研究所官网显示，研究所共有在职职工147人，其中正高级职称22人，博士生35人，院首席科学家1名，享受政府特贴专家13名，博硕研究生导师21名。

中国水产科学研究院水产生物技术领域首席科学家：孙效文

享受国务院政府特殊津贴：梁利群等

黑龙江省优秀中青年专家：梁利群等

截至2015年4月，黑龙江水产研究所渤海冷水性鱼类试验站占地面积1797亩，拥有苗种培育池648平方米，亲鱼、商品鱼养殖池3013平方米，选育车间1006平方米，综合试验楼1150平方米，从国外引进的优质冷水性鱼类有虹鳟、金鳟、山女鳟、大鳞鲑、白点鲑和大西洋鲑等，研发的土著冷水性鱼类有哲罗鱼、细鳞鱼、黑斑狗鱼、江鳕等。

截至2015年4月，黑龙江水产研究所呼兰水产试验场占地面积近430亩，有办公实验综合楼、孵化育苗车间、养殖实验车间、渔机车间、饲料加工车间等设施、鱼塘水面280亩，其中1～2亩的选育池68个，3亩的鱼池12个，6亩的鱼池6个，10～20亩的鱼池8个，均为混凝土护坡泥底池塘；办公实验综合楼内设有办公室、多功能会议室、监控室、育种实验室、养殖实验室、鱼病实验室和生化实验室。

据2018年研究所官网显示，研究所与美国、俄罗斯、芬兰、白俄罗斯、立陶宛、日本、韩国、蒙古、台湾等40多个国家和地区的相关机构建立了科技合作关系。

据2018年研究所官网显示，黑龙江水产研究所先后承担了国家“973”计划、863计划、科技攻关、自然科学基金、省部级等多项重大科研项目，取得各级科研奖励170余项；获得国家级奖励8项（国家二等奖2项），省、部级奖励80项，一批科研成果达到了国际先进水平；在水产生物技术学科，近5年来，先后承担国家重点基础研究发展计划（973）、国家高技术研究发展计划（863）、国家自然科学基金、公益性（农业）行业专项等40余项；获得国家科技进步二等奖1项、省部级科技奖2项、院级科技奖励2项；出版专著2部，授权发明专利10余项，发表论文150余篇，其中SCI论文50余篇。

《水产学杂志》主要刊登水产各分支学科如水产养殖、鱼类遗传育种、水产生物技术、渔业资源与增殖、渔业环境保护、营养与饲料、鱼病防治、水生生物、设施渔业具有原创性或较高学术水平的研究论文、调查报告、综述和学术动态等方面的论文；被中国科技核心期刊数据库、CNKI、万方数据库、维普数据库、中国期刊全文数据库（GJFD）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、波兰《哥白尼索引》、美国《化学文摘》、英国《动物学记录》、美国《乌利希期刊指南》、英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI）等权威检索机构或数据库收录。

据2018年研究所官网显示，研究所涵盖有水产养殖技术、遗传育种与种质资源、水产生物技术、渔业资源保护与利用、渔业生态环境与水产品质量安全5大研究领域15个专业研究方向的学科体系。

据2018年研究所官网显示，研究所与中国海洋大学、上海海洋大学、大连海洋大学、华中农业大学、东北农业大学、东北林业大学等高等院校建立了联合培养硕士研究生点。

所徽图案为一只在江面上跳跃的鱼的艺术形象，蓝色的主色调代表水的颜色和科学研究的寓意。

总体思路：突出特色，保持优势，抓住机遇，加快发展

发展目标：国际一流，国内领先

2021年6月22日，中国水产科学研究院黑龙江水产研究所病害与防治研究室党支部被中共黑龙江省直属机关工作委员会授予“黑龙江省直机关先进基层党组织”称号。