截至2008年4月，研究所下设七个研究室，分别为：高速水流与流激振动研究室、枢纽水力学研究室、水力控制研究室、冷却水研究室、冷却塔研究室、观测与仪器研究室、河流研究室。

截至2008年4月，研究所共有在职工程技术人员59人，包括教授级高级工程师13人，高级工程师31人；全所获得博士学位的有16人，获硕士学位的有18人。

截至2008年4月，研究所建有大型的实验厅共5座，总面积达20000平方米，总供水能力达10立方米/秒。

建有国内最大的水工试验厅，占地7100平方米，供水系统的最大供水能力达到1.7立方米/秒。厅内设有目前国内最高的水工试验水箱（13米高），及其它水箱水槽设备。河口与环境试验厅是国内仅有的大型河口与环境试验场地，建筑面积达8400平方米，最大供水能力达到1.3立方米/秒，配备有基础实验室，模拟冷却塔与工业节水实验室，环境风洞与水槽实验室，参数标定实验室等。其它实验厅还配备了高速循环水洞及专门用作空化研究的减压箱等大型水力学实验设备。

此外，研究所还装备了二维粒子图测速系统（PIV）、三维激光流速仪（LDV）、实验室型多普勒水流仪（ADV）、便携流量仪表、频谱噪声信号分析系统、压力校验仪、动态应变仪、生控潮自动控制设备、多通道粒子图像测速系统、及红外热相仪等一批具有国际先进水准的量测仪器，并自行开发和引进了一批用于数值计算及图像处理的软件。