《中国水利百科全书》第一版于1991年3月出版，受到了水利界、出版界普遍的关注，曾荣膺全国优秀科技图书一等奖和水利科技进步二等奖。十多年来，水利事业和水利科学技术有了突飞猛进的发展，国际和国内形势也发生了一系列巨大的变化。为进一步适应我国水利事业的发展，及时增订出版《中国水利百科全书》新的版本，是时代赋予的一项神圣责任，也是新世纪广大读者的热切企盼。
编纂工作井然有序。各分支对第一版逐条审读，判断条目的保留、修改或重写、合并、删除，以及增加条目，设计出分支的条目系列表。经全书主编、副主编审查，协商调整了重大遗漏或不必要的重复，汇总成全书的框架。2000年10月完成《条目总表》的编制。
各分支的编写工作实行分支主编责任制。撰稿人由分支主编遴选推荐，由
中国水利水电出版社与撰稿人签订委托编撰合同书。审稿包括分支内的初审、复审和由全书主编、副主编分别为主审人和辅审人的终审，以及全书相关相近条目的组群审稿。2002年7月组群审稿结束。至此，《中国水利百科全书》第二版历时3年完成定稿。2004年1月和2005年1月，分两批出版了21本分册。
《中国水利百科全书》贯彻标准化的原则，严格执行国家标准和行业标准，积极采用国家统一颁布的名词术语。国内外地名的采用，以国家正式出版的地图和新近的《中华人民共和国行政区划简册》为准。对于一般习惯使用但不够标准的称谓，尽可能予以正名统一。同一概念或相近的概念，不同专业使用不同名称，或暂无统一名称的，则遵从专业习惯。不强行统一。
编纂出版《中国水利百科全书》是水利科技事业的一项基本建设。第二版编纂工作一如既往地得到了全国(包括台湾省和香港、澳门特别行政区)水利、水电、交通、建设、农业、林业等部门的有关院校、科研、生产、管理等单位及学术团体的热情支持和大力帮助，全国包括20多位科学院、工程院院士在内的1 360位专家和学者直接参与了撰稿、审稿活动，他们殚精竭虑，字斟句酌，付出极大的心血，他们是水利事业的有功之臣。在此，谨向一切关怀和支持编纂出版活动的领导和同志们，表示诚挚的感谢，并衷心地祈望广大读者批评指正，以期异日能有更加完美的水利专业百科全书问世。