中国海洋大学海洋学实验教学中心的历史可追溯到1952年全国高校院系调整时期，那一年厦门大学海洋系理化组并入山东大学的海洋研究所成立海洋系，由中国海洋科学奠基人之一，著名物理海洋学家、海洋教育家赫崇本教授任首任系主任。同时成立了海洋调查实验室和气象实验室，赫崇本教授亲自担任海洋调查实验室主任，为海洋学实验教学体系的建立打下了坚实的基础。为了加强学生的流体力学素养，1982年海洋学系又建立了流体力学实验室。1991年海洋学系被国家确定为首批15个理科人才培养基地之一，海洋学实验教学体系得到了长足发展，相继建立了海洋大气数值模拟实验室和卫星海洋学实验室，将现代化的实验方法和手段引入到本科教学之中。2003年学校整合上述5个实验室，成立了海洋学实验教学中心。中心实行校、院两级管理的主任负责制，中心主任由学校任命。中心成立后大力开展了海洋学实验教学体系的研究工作，制定了发展规划。2006年，利用学校搬迁崂山校区的契机，重新规划了实验中心的布局，新建了物理海洋与海洋学实验室，负责培养学生物理模型实验的能力，至此中心构建了现场观测、物理模型、数值模型的实验教学平台，建立了较为完善的海洋学实验教学体系。
学校利用211和985等建设经费对本中心投入2400万元，设备年更新率高达75%，现有设备总值2308.3万元，实验室面积2760.9平方米。中心现有26名专职人员，肩负着海洋环境学院5个专业以及全校20余个相关专业5.1万人时/年的实验教学任务。
中心有海洋学国家级教学团队一个，山东省教学名师一名。中心近5年获得国家级教学成果二等奖1项，省级教学成果奖1项以及校级教学成果奖5项。“海洋学”、“
物理海洋学”和“卫星海洋学”三门课程先后被评为国家级精品课程，中心教师编写的面向21世纪课程教材《海洋调查方法》和十一五规划教材《
海洋调查方法导论》被全国涉海高校使用。中心现承担国家理科人才基地建设项目两项，国家级理工科实践教学改革项目两项。
经过半个多世纪的发展，中心已具备完整的实验教学体系、软硬件实验教学条件、高水平的实验教学队伍和科学的管理体制和运行机制，形成了“目标导向、理实交融”的实验教学理念，成为了特色鲜明的现代化开放式的实验教学中心。