中国热带农业科学院广州实验站前身为中国热带农业科学院广州办事处，始建于1958年，1966年因
文化大革命停办。为适应科研教学需要，报原广东省革命委员会批复，1978年恢复成立华南热带作物研究院、
华南热带作物学院广州办事处。1982年经原农垦部批准与广州市饮食服务公司在荔湾区带河路241号（现更名为荔湾区康王中路）合建综合办公大楼，于1986年竣工并投入使用。
2002年，按照科技部、财政部、中编办等有关科研机构体制改革的要求，中国热带农业科学院广州办事处更名为中国热带农业科学院广州实验站，属农业事业单位，并在广州市事业单位登记管理局办理了事业单位法人证书，2006年11月转中编办登记，并由广州市政府协作办公室代管。