中国热带农业科学院热带生物技术研究所是隶属于中国热带农业科学院的国家级科研机构，专门从事热带生物技术研究。

1988年5月，经原国家计划委员会批准，华南热带作物科学研究院、华南热带作物学院在儋州宝岛新村筹建热带作物生物技术国家重点实验室。

1990年12月，实验室建成并通过了国家验收。

1991年，实验室正式开始运行，是海南省的国家重点实验室。

1998年，实验室搬迁海口。

2002年10月，根据《科学技术部、财政部、中编办关于农业部等九个部门所属科研机构改革方案的批复，中国热带农业学院在实验室的基础上组建中国热带农业科学院热带生物技术研究所。

2003年6月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所正式挂牌成立。

2021年11月9日，广东省科学院南繁种业研究所与中国热带农业科学院热带生物技术研究所在海口签订战略合作协议。

2022年3月25日，中国热带农业科学院热带生物技术研究所与屯昌县人民政府签署了战略合作协议。

2023年6月21日，沉香国际联合研究中心在中国热带农业科学院热带生物技术研究所揭牌成立。

截至2022年5月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所核定人员编制数470人。拥有干部职工200人，其中博士106人，高级职称人员112人。133人获海南省高层次人才认定。获得“973”首席科学家、中央直接联系掌握高级专家、国家有突出贡献中青年专家、享受国务院特殊津贴专家、全国优秀科技工作者、全国五一劳动奖章、农业科研杰出人才等国家级、省部级荣誉称号专家50余人次。拥有产业技术体系首席科学家1人，岗位科学家和试验站站长8名。

中央和海南省委省政府直接联系掌握高级专家：彭明

国家有突出贡献中青年专家人选：李开绵

国务院特殊津贴专家：郭安平、李开绵、彭明

全国优秀科技工作者：彭明

全国农业科研杰出人才：郭安平、李开绵

海南省有突出贡献的优秀专家：周鹏、戴好富、李开绵、彭明

海南省委省政府直接联系重点专家：戴好富、李开绵、彭明

截至2022年5月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所拥有17个部省级及以上科技平台，1个博士后科研工作站、2个院士创新平台；牵头建设中国热带农业科学院三亚研究院和广西研究院。

所属国家重点实验室：农业农村部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室（学科群综合性实验室）

所属省级重点实验室：海南省热带农业生物资源保护与利用重点实验室、海南省黎药资源天然产物研究与利用重点实验室、海南省热帯微生物资源重点实验室、海南省海洋生物资源功能性成分研究与利用重点实验室、海南省南繁生物安全与分子育种重点实验室

所属市级重点实验室：海口市热带天然产物研究与利用重点实验室

所属创新联合实验室：热带作物基因组学与种质创新联合实验室

所属省级工程（技术）中心：海南省热带生物质能源工程技术研究中心、海南省黎药工程研究中心

所属院级工程（技术）中心：中国热带农业科学院热带生物组学大数据中心、中国热带农业科学院热带海洋生物资源利用研究中心、中国热带农业科学院航天育种研究中心、中国热带农业科学院甘蔗研究中心

所属检测服务平台：农业农村部植物及植物用微生物生态环境安全监督检验测试中心（海口）、海南黎（南）药分析测试中心、热带种传有害生物检测中心

所属院士平台：海南省院士工作站、海南省院士团队创新中心

所属实验站：国家农业科学实验站—国家农用微生物观测监测点、国家植物保护三亚观测实验站

所属国际合作机构：中国科协“海智计划”海南（中国热带农业科学院热带生物技术研究所）工作基地、国际香蕉产业科技合作创新院国家引才引智示范基地、热带药用植物研究与利用国际联合实验室、中国东盟热带海藻资源合作研究“海智计划”工作站、中国东盟海藻合作研究工作站

截至2022年5月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所拥有10万元以上仪器设备共73台套，总计5000余万元，其中50万元以上的仪器设备共23台套，全部纳入了院大仪管理中心网、海南大型科学仪器协作网、重大科研基础设施和大型科研仪器国家网络管理平台。

截至2019年12月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所在文昌和广西扶绥设有两个科研基地。

文昌科研试验基地占地536亩，拥有1286平方米田间综合实验室1栋、406平方米田间检测实验室1栋、现代农业设施1套（包含隔离温室1600平方米、大棚3422平方米、防虫网室3840平方米等）、1180平方米中试实验厂房1座、现代农作物废弃物循环利用设施、396平方米水产育苗车间3间，及相应的水、电、排、灌系统。

广西扶绥科研试验基地占地1085亩，其中科研试验区位于扶绥县城，占地35亩；另甘蔗脱毒原种苗田间繁育基地位于扶绥县昌平乡八联村委会，占地1050亩。基地建有4211平方米生物技术综合实验室1栋、3565平方米智能温室1座，2920平方米假植苗温室1座，3072平方米脱毒种苗实验室1栋，及其他给排水、供电、水肥一体化等农业设施。

种质与基因资源以热区丰富的农业种质资源和优异基因资源为基础，解析重要性状形成与调控机理，构建基因互作网络，挖掘优异基因资源；强化基因组、蛋白质组、代谢组和表型组及生物信息学技术研究，建设热带生物组学大数据中心，发展基因组选择育种和基因编辑等育种新技术。

功能基因与遗传改良利用多维组学和现代分子生物学等技术，挖掘重要热带作物品质形成、抗逆和抗病等功能基因，开展重要农艺性状功能基因调控网络研究，建立重要热带作物遗传改良新理论、新技术及新途径，创制热带作物优良新种质（品种）。

热带生物资源次生代谢围绕热带生物资源功能物质的挖掘与利用，开展天然产物提取分离、结构鉴定与优化、生物合成与代谢调控、生物活性与作用机制、构效关系及成药性等研究，研发特色生物资源可持续利用与新产品开发关键技术，创制特色科技产品，为热带药用生物资源利用和产业发展提供科技支撑。

甘蔗产业技术开展甘蔗种质资源创新利用、甘蔗新品种培育与良种繁育、甘蔗营养与栽培、农机农艺结合全程机械化、甘蔗有害生物可持续防控等系统研究，建设国家领先的甘蔗产业技术创新中心，解决制约甘蔗产业发展的关键技术问题，为中国甘蔗产业可持续发展提供理论和技术支撑。

热带海洋生物资源围绕海洋资源开发与可持续利用，重点开展热带区域特色海洋生物资源的收集、评价与可持续利用、水产动物健康养殖、疫病防控、岛礁农业技术研究，建设热带海洋生物资源创新利用平台，为中国建设“蓝色粮仓”、维护南海生物资源权益提供科技支撑。

微生物工程与农村环境生物治理开展饲料用功能微生物产品研发、微生物菌肥产品创制、农业废弃物高质化利用、热区食药用真菌资源开发利用、热区病毒病诊断检测防控以及农村生态环境生物治理等研究，建立农用微生物生物技术创新平台，为农业微生物资源高效利用和服务国家生态文明试验区建设提供理论、技术和产品支持。

南繁育种与生物安全围绕“南繁硅谷”建设和现代种业发展需求，以提供南繁共性技术服务为纽带，聚焦南繁育种与生物安全重大科学问题，重点开展南繁和热带生物育种检测、监测、评价和生物安全科学普及等工作，建立南繁生物育种和种质资源创新利用平台，促进南繁育种技术创新与材料创新。

截至2022年5月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所先后获部省级科技奖励62项，牵头建设国家香蕉产业技术体系，参与国家木薯、糖料和中药材3个产业技术体系建设，在木薯、香蕉、甘蔗、药用植物、微生物、海洋生物资源、南繁育种等领域取得突破性进展，为中国乃至世界热带农业和生物产业发展提供了重要的基础理论和技术支撑。先后承担了“863”计划、“973” 计划、国家自然科学基金、公益性行业科研专项及国际合作专项等中国国内国际重大项目。

截至2022年5月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所拥有热科1号沉香、热科2号沉香、热科3号白木香、甘蔗中糖1号、甘蔗中糖2号、甘蔗中糖3号、甘蔗中糖4号、番木瓜、百香果无病毒健康种苗等植物品种，并同时开发了沉香香水、沉香复方盘香、沉香精油、香丹精油、海南鹧鸪凉茶、薏仁咖啡、释迦仁植物固体饮料等成果产品。

中国热带农业科学院热带生物技术研究所的所徽中央为绿色基因链，表示研究所的主要研究方向是热带生物技术，外圈上方为研究所的中文名称，下方为研究所的英文名称。

2021年12月30日，中国热带农业科学院热带生物技术研究所在所办公大楼前举办了2022年职工元旦趣味运动会。