中国科学出版集团是2000 年6月经新闻出版总署正式批准成立的首家科技出版集团和第一家部属出版集团，是中国科学院
知识创新工程不可分割的重要组成部分。
2005 年6月，中国科学出版集团转制，设立中国科学出版集团有限责任公司（通称中国科学出版集团），原中国科学出版集团成员的中国科学院股权将无偿划入中国科学出版集团，在完成划转前，委托中国科学出版集团管理。中国科学出版集团真正成为以资本为纽带的现代企业集团，在
中国科学院国有资产经营有限责任公司的授权之下，对下属企业的国有资产依法进行经营、管理与监督，并承担保值增值责任。
中国科学出版集团主要出版发行图书、期刊、电子出版物、音像制品，并从事版权贸易。兼营印装材料及有关设备贸易，仓储和运输，广告业务，以及图书报刊、文献资料、纸张、办公用品、计算机软件及外围设备、光盘制品等进出口业务。
作为中央文化体制改革试点单位，中国科学出版集团将立足科技、面向教育、面向未来，用市场化手段实现知识创新成果的归纳整理、传播转移、普及提高，为基础性、战略性、前瞻性科学研究和高技术产业化服务，为科技成果国际交流服务，为培养优秀人才服务，经过十年的努力把中国科学出版集团办成以科学（Science）、技术（Technology）、医学（Medicine）、教育（Education）为主要领域的高水平、综合性、国际化的传媒集团，成为具有中国特色的文化产业的重要组成部分。
2000年2月新闻出版总署批准组建中国科学出版集团，集团成为唯一的中央级专业出版集团。2003 年6月，中国科学出版集团成为中央
文化体制改革试点单位。中国科学出版集团是以科学出版社为核心，包括
北京中科希望软件股份有限公司、北京科海高技术（集团）公司、
中国科学技术大学出版社、
北京中科进出口公司、《中国科学》杂志社等成员单位组成的联合体。集团核心企业科学出版社成立于1954年，是我国科技出版业的著名品牌。
2005年6月，中国科学出版集团有限责任公司（通称中国科学出版集团）完成工商注册，正式成立。根据中国科学院的决定，原中国科学出版集团成员的中国科学院股权将无偿划入中国科学出版集团，在完成划转前，委托中国科学出版集团管理。至此，集团真正成为以资本为纽带的现代企业集团，进入到按照现代企业制度运行的发展阶段。
在
中国科学院国有资产经营有限责任公司的授权之下，中国科学出版集团对下属企业的国有资产依法进行经营、管理与监督，并承担保值增值责任。中国科学出版集团运行几年来，各成员企业在产值规模、出版书刊种数等方面都有了较大增长。2005年集团图书出版码洋达到11亿元，年产值位于中国出版业第一阵营。核心企业科学出版社的综合竞争能力居全国科技类出版社前列。
集团未来发展目标和规划上将以科学（S）、技术（T）、医学（M）、教育（E）四大领域为基础架构，进一步发展成为综合性科技出版集团，并在数字出版和网络平台建设上取得突破性进展，将集团建设成为中国优秀科技成果的发布中心和国外优秀科技成果的引进中心。2010年集团经营规模将达到30亿元，在经营规模、综合竞争能力方面位居出版集团前列。成为集图书、期刊、报纸、文献信息与服务、网络出版、进出口及印刷等为一体的中国科技出版旗舰。