中国科学院南京地质古生物研究所（Nanjing Institute of Geology and Palaeontology,Chinese Academy of Sciences）是中国从事古生物学（古无脊椎动物学与古植物学）和地层学研究的专业机构。

1913年9月，原中央地质调查所在北京成立，丁文江任首任所长。

1928年1月，原中央研究院地质研究所在上海成立（1933年迁至南京古生物所现址）。

1950年4月，李四光由英国辗转回国；5月7日，与周恩来总理在北京会面并接受委托；8月24日，中华人民共和国中央人民政府政务院第47次会议通过了李四光提出的“一会、两所、一局”的地质机构重组方案。

1951年5月7日，中国科学院古生物研究所正式成立。成立之初暂时由中国地质工作计划指导委员会领导，下设新生代及古脊椎动物组、古无脊椎动物组、古植物组等三个组。

1952年8月18日，中国科学院决定古生物研究所在北京的古脊椎动物室归中国科学院直接领导。

1959年4月1日，中国科学院决定古生物研究所改名为地质古生物研究所。

1971年3月，中国科学院决定地质古生物研究所改为现名，即中国科学院南京地质古生物研究所。

1998年8月，研究所成为中国科学院首批知识创新工程试点单位。

2011年，成为首批“创新2020”整体择优支持的研究所。

2017年，研究所筹建“生物演化与环境卓越创新中心”；2月，由中国科学院南京地质古生物研究所、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和南京大学共同创建的“南京大学生物演化与环境科教融合中心”成立暨揭牌仪式在南京大学地球科学学院举行。

2022年11月，中国科学院南京地质古生物研究所在图书馆3楼报告厅举行新生代生物演化与环境研究室成立仪式及学术研讨会。

截至2022年12月，中国科学院南京地质古生物研究所共有在编职工180人，中国科学院院士3人。研究所有6位学者获得国家自然科学基金委“杰出青年基金”资助，4位学者获得“优秀青年基金”资助，5位学者入选国家高层次人才计划。

中国科学院院士（专职）：周志炎、戎嘉余、陈旭

国家杰出青年基金获得者：黄迪颖、王博、杨群、袁训来、詹仁斌、朱茂炎

截至2024年1月，中国科学院南京地质古生物研究所拥有1个重点实验室、4个基础研究部、1个应用部门以及4个支撑部门。

所属重点实验室：古生物学与油气地层应用重点实验室

所属基础研究部：古无脊椎动物学研究室、微体古生物学研究室、古植物学与孢粉学研究室、新生代生物演化与环境研究室

所属应用部门：地层古生物咨询中心

所属支撑部门：科学传播中心、实验技术中心、地层古生物大数据中心、澄江古生物研究站

据2024年6月中心官网数据，中国科学院南京地质古生物研究所实验技术中心相继引入以扫描电镜、稳定同位素质谱仪、等离子体热解质谱仪等为主体的各类型大型仪器设备，拥有大型仪器设备39台套，资产总值7365万元。

据2024年6月标本馆官网数据，中国科学院南京地质古生物研究所标本馆拥有馆藏化石标本近100万件，其中约20万件为极具科研价值的模式标本。

据2024年6月图书馆官网数据，中国科学院南京地质古生物研究所图书馆拥有外文现刊370余种（包括交换和赠阅），中文现刊近150种。馆藏中国国内外地层及古生物学科的书刊约26万册（期），其中期刊2500余种、20余万册（期）。

2021年5月13日，中国科学院新疆生态与地理研究所与中国科学院南京地质古生物研究所在南京签署战略合作协议。

2022年9月26日，中国科学院南京地质古生物研究所与内蒙古自治区乌海市人民政府和国家能源集团乌海能源公司签署战略合作框架协议。

据2024年6月中心官网数据，中国科学院南京地质古生物研究所自建所以来在中国国内外科学刊物上发表论文8000余篇、各种科技专著380余册；在古生物分类研究中，建立1500多个新属，12000多个新种。自1956年以来有200余项科研成果获国家、中国科学院及省部级奖励，其中27项获国家级奖励。特别是研究所在早期生命起源和寒武纪大爆发、重大地史时期生物的辐射、灭绝与复苏、全球界线层型、早期植物的起源与演化等领域获得了一系列国际研究成果。例如“六亿年前最早的地衣化石（Science，2005）”“前寒武纪两侧对称动物演化的证据（Science，2006）”以及“6.32亿年前动物休眠卵化石（Nature，2007）”等重大发现连续三年被评为“中国基础研究十大新闻”“阐明二叠-三叠纪之交生物大灭绝及其复苏模式和原因”（与中国地质大学共同完成）入选2012年度“中国科学十大进展”。研究所获得的国家级奖励主要包括：“澄江动物群与寒武纪大爆发”（与云南大学、西北大学合作）获2003年度国家自然科学奖一等奖；“全球二叠系-三叠系界线层型研究”（与中国地质大学合作）、“寒武系和奥陶系全球层型剖面和点位（金钉子）及年代地层划分”和“中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝”分别获2002年度、2008年度和2010年度国家自然科学奖二等奖。

《古生物学报》于1953年5月创刊，是古生物学及其相关的生物地层学综合性学术刊物。主要刊载古生物学及其相关学科的原创性研究论文、学科动态、学术讨论、论著评述以及新技术、新方法的应用等。被国际检索系统《Zoological Record》《JST》《Georef》等收录。

《地层学杂志》创刊于1966年，是地层学（含生物地层学、岩石地层学、磁性地层学、年代地层学、事件地层学、化学地层学、构造地层学、地震地层学、层序地层学、旋回地层学、生态地层学及定量地层学等）及与其相关的地质学、沉积学、古地理学、古生态学、古气候学研究的学术性期刊，主要刊载与上述学科有关的专门性论文、学术动态、报道、讨论、书刊和论文的评价、综述或译文，以及中国国内外工作方法和经验的介绍等。

《微体古生物学报》是亚洲地区在微体古生物学方面的学术刊物，于1984年创刊。主要刊登微体古生物学的最新研究论文，中国国内外学术研究动态和学术思想的讨论。介绍微体古生物学研究的新方法、新技术及重要古生物论著的简介和评述。适合微体古生物学和生物地层工作者，科研单位、大专院校师生及地质、石油、煤炭、海洋与湖泊及生命科学等系统的有关专业人员。

《Palaeoworld》（远古世界）期刊由中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学和地层学国家重点实验室主办，自2006年开始由世界出版社Elsevier出版，从2013年起Palaeoworld正式成为SCI刊物，被Web of Science Core Collection数据库收录（SCI-Expanded）。

《Palaeoentomology》（古昆虫学）由中国科学院南京地质古生物研究所承办，为国际古昆虫学会（IPS）的官方刊物，于2018年底创刊，2022年11月被国际期刊引文索引数据库ESCI（Emerging Sources Citations Index）收录。

《Mesozoic》（中生代）是由中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学和地层学国家重点实验室主办的致力于研究中生代地球和生命演化的跨学科期刊。

《生物进化》于2006年创刊，为科普刊物。刊登的主要内容包括生物类群的起源、地质历史时期生物多样性的发生和环境的协同进化、生物进化理论和假说、科学考察和国家地质公园、地外生命、地球生命的未来、化石资源的保护、化石、奇石的收藏和鉴赏、有关学术研究机构和博物馆的介绍。

中国科学院南京地质古生物研究所是国务院学位委员会首批批准的博士、硕士学位授予权单位之一。截至2022年10月，中国科学院南京地质古生物研究所拥有一级学科博士学位授权点3个、二级学科博士学位授权点3个、二级学科硕士学位授权点4个。

一级学科博士学位授权点：古生物学与地层学、地球生物学、矿物学、岩石学、矿床学

二级学科博士学位授权点：古生物学与地层学、地球生物学、矿物学、岩石学、矿床学

二级学科硕士学位授权点：古生物学与地层学、地球生物学、地质工程、矿物学、岩石学、矿床学

中国科学院南京地质古生物研究所是全国博士后管理委员会首批博士后流动站的设站单位，自1988年建站以来，先后有30多位在中国国内外获得博士学位的优秀研究人员进入研究所博士后流动站工作。

截至2022年10月，中国科学院南京地质古生物研究所拥有博士生导师47名，硕士生导师34名。迄今为止，研究所共招收和培养了研究生300余人，其中博士学位研究生100余人、硕士学位研究生200余人；拥有博士后流动站在站11人。

中国科学院南京地质古生物研究所所徽上方的三叶虫和下方的树叶表示该所学科方向为古无脊椎动物和古植物学研究；中间所名中“中国科学院”五字系中国科学院首任院长郭沫若手迹，表示要继承中国科学院的优良传统；背景为地球经纬线，其一寓意该所以地球为研究对象，其二寓意该所研究方向是全球性的，其三寓意该所的科研水平是世界一流的；外圈是研究所英文名称，表示该所科学家与国际同行开展学术交流；最下方“1951”表示该所正式成立的年代。

所风：务实、求真、严谨、创新

所训：求真求实，争创世界一流

南古精神：爱国奉献、学用兼优、严谨创新、勇攀高峰

2024年5月30日，由中国科学院南京地质古生物研究所、南京科普教育基地应用协会共同主办的“铭爱党爱国心，践科学家精神”系列讲座暨全国科技工作者日主题科普活动在南京古生物博物馆举办。