中国科学院植物研究所前身为1928年创建的静生生物调查所和1929年成立的北平研究院植物研究所，1950年合并为中国科学院植物分类研究所，1953年改为中国科学院植物研究所。

1928年，静生生物调查所建立。

1929年，北平研究院植物研究所建立。

1950年，静生生物调查所与北平研究院植物研究所由合并为中国科学院植物分类研究所。

1953年，中国科学院植物分类研究所更名为中国科学院植物研究所。

1981年，成为全国首批具有博士、硕士学位授予权的单位之一。

1986年1月7日，中国科学院植物研究所研究生会成立。

2004年，《中国植物志》（80卷126分册）全部出版完成。

2004年，引进人才新组建3个创新研究组。

2005年9月，《中国植物志》参加由科技部和财政部等主办的“国家‘十·五’重大科技成就展”，《中国植物志》的全部出版入选“两院院士评选2005年中国十大科技进展新闻”。

2005年，中国科学院创新重大项目（西部行动计划）“浑善达克沙地与京北农牧交错区生态环境综合治理试验示范研究”（韩兴国研究员为首席科学家）2005年5月顺利通过项目验收。

2006年，鄂尔多斯生态站、北京森林站、内蒙古草原站顺利通过CERN专家组评估。

2007年9月，系统与进化植物学国家重点实验室通过建设验收。

2007年，植被与环境变化国家重点实验室通过建设计划论证。

2009年，植物所第一次引入国际评估。

2009年，植物所与与内蒙古农牧业科学院共建了乌兰察布草地生态研究站、与唐山市共建了中国科学院唐山高新技术研究与转化中心工程植物事业部、与深圳佳美投资发展有限公司和中国科学院沈阳应用生态研究所合作成立了正蓝旗中科草原开发有限公司。

2010年，植物所与内蒙古农牧业科学院共建了中国科学院内蒙古草业研究中心；与莱阳市共建了中国科学院植物研究所梨科研示范基地；依托天津工业生物技术研究所成立了中国科学院天津产业技术创新与育成中心——观赏植物分中心。

2011年，植物所与天津大港油田签订协议打造大港油田“大港油田团泊洼基地”，建成酿酒葡萄和构树的产业化示范基地。植物所与鄂尔多斯恩格贝生态示范区管理委员会签定协议，进行“干旱半干旱地区环境修复植物资源筛选及快繁技术研究与示范”，该项目得到中国科学院支撑服务国家战略性新兴产业科技行动计划专项的支持。植物所与宁夏农业综合开发办公室合作开展宁夏农业综合开发土地治理科技推广项目。

2012年，植物所与阿拉善盟行政公署签订合作框架协议，在肉苁蓉、锁阳、疯草及其它特有沙生植物资源的保护与产业化开发等方面为阿拉善盟提供技术服务和科技支撑。

2014年，植物所与北京市合作承办首次在亚洲国家举办的世界葡萄大会；与福建三安集团签署协议，共建“植物工厂”。

截至2014年底，植物所拥有10万元以上仪器设备468台（套），其中50万元以上设备73台（套）。2014年新购高压冷冻固定仪、全自动植物多广谱三维成像观测室、三维激光扫描测量系统等设备33台（套）。

截至2014年底，植物标本馆共收藏标本267万余份；数字植物标本馆共收录标本信息372.8万份；植物图像库已收录图片172万幅。

据2015年12月研究所官网显示，研究所图书馆录入数据库馆藏文献目录13万条，包括馆藏中西文专业学科图书资料和论文约3.6万种，6.5万册；中西文期刊约3千种，合订本6.7万册。加上尚未录入数据库的珍藏古籍书，俄、日文图书和期刊，馆藏总量逾30万卷册。图书馆每年入藏中西文期刊330余种，中西文图书200余册。购买开通了Elsevier，SpringerLink，Blackwell，Wiley等著名国际出版社的电子版学术文献数据库。

截至2014年底，植物所共有在职职工642人。其中科技人员338人、科技支撑人员210人，包括中国科学院院士5人、第三世界科学院院士2人、欧亚科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员92人、副研究员及高级工程技术人员142人。共有中国科学院“百人计划”入选者42人；国家杰出青年科学基金获得者18人。

中国科学院院士：张新时、洪德元、王文采、匡廷云、方精云

中国科学院百人计划：郭亚龙、贺超英、汪小全、葛颂、白永飞、周广胜、张文浩、董鸣、马克平、万师强、陈吉泉、缪世利、武昕原、程维信、谢宜春、邬建国、林光辉、高琼、宋献军、秦峰、程佑发、金京波、乐捷、黄善金、漆小泉、刘春明、种康、胡玉欣、林金星、彭连伟、王柏臣、刘琳、林荣呈、黄芳、卢从明、许亦农、梁振昌、庞永珍、景海春、华学军、田世平、李绍华

国家杰出青年科学基金获得者：贺超英、曾庆银、林荣呈、黄善金、孔宏智、白永飞、卢从明、张文浩、张立新、刘春明、周广胜、种康、汪小全、王晓茹、林金星、田世平、葛颂、董鸣

2014年，植物所拥有国家重点实验室2个，中国科学院重点实验室3个，10个野外台站、1个植物标本馆、1个中国生态系统研究网络生物分中心、1个中国科学院非法人研究单元——中国科学院内蒙古草业研究中心。

国家重点实验室：系统与进化植物学国家重点实验室、植被与环境变化国家重点实验室

中国科学院重点实验室：中国科学院植物分子生理学重点实验室、中国科学院光生物学重点实验室、中国科学院北方资源植物重点实验室

野外台站：内蒙古锡林郭勒草原生态系统国家野外科学观测研究站、内蒙古鄂尔多斯草地生态系统国家野外科学观测研究站、湖北神农架森林生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院北京森林生态系统定位研究站、植物所多伦恢复生态学试验示范研究站、植物所浑善达克沙地生态研究站、植物所东乌珠穆沁草原生态系统管理研究站、植物所北方林生态系统定位研究站、植物所古田山森林生物多样性与气候变化研究站、植物所内蒙古农牧业科学院乌兰察布草地生态研究站

2010年，植物所签署对外合作协议7项；科研人员出访95批161人，来访97批181人；举办8次国际（双边）学术会议和1次国际培训班；共有33人在国际组织和国际期刊中任职69项（其中2010年新任职的10项）；聘任外国专家特聘研究员3人，外籍青年人才1人。

2011年，植物所签署对外合作协议3项；科研人员出访145批217人，来访151批233人；举办3次国际学术会议；共有31人在国际组织和国际期刊中任职70项（其中2010年新任职6项）；聘任外国专家特聘研究员6人。

2012年，植物所签订合同131项，国内合作经费2580余万元。签署国际合作协议1项；人员出访112批168人，来访150批251人；举办国际学术会议2次、国际培训班1次；59人在国际组织和期刊任职83项（新增5项）。

2013年，植物所在能源作物开发、资源保育、品种推广等技术领域与天津、河北、山西、内蒙古等地企业开展科技合作，共签订国内合作合同177项，合同经费达3800余万元。签署国际合作协议13项；人员出访96批130人，来访65批139人；举办国际学术会议3次、国际培训班1次；45人在国际组织和期刊任职80项（新增10项）。

2014年，植物所签署国际合作协议5项；人员出访63批98人，来访126批202人；举办国际学术会议5次、国际培训班1次；46人在国际组织和期刊任职91项（新增11项）。

2010年，植物所共有在研项目314项（包括新增项目94项）。其中，主持（或承担）国家重点基础研究发展计划（973）项目3项（新增1项）、承担（或参加）课题21项（新增7项），主持（或承担）中国高技术研究发展计划（863）项目15项；主持（或承担）国家自然科学基金重大项目2项、重点项目9项、面上项目99项（新增37项），承担国家自然科学基金重大研究计划重点项目8项（新增1项）；承担中国科学院战略性先导科技专项课题2项，主持（或承担）重要方向项目27项（新增7项），承担国际合作项目16项（新增8项）；承担院地合作项目39项（新增15项），与地方政府合作项目13项（新增4项）。发表论文408篇，其中SCI论文217篇，有136篇发表在学科前30%的SCI刊物上，影响因子在9.0以上的8篇，5.0以上的35篇，2.0以上的148篇；出版专著4部；授权专利16项。

2011年，植物所争取国家重要科技计划项目（课题）共计78项。其中，科技部科技基础条件平台项目1项，科技基础工作专项1项，973课题1项，农业成果转化项目1项；国家自然科学基金项目67项，其中重点项目2项、重大研究计划重点项目1项、杰出青年基金2项、面上项目44项、青年科学基金15项、重大国际合作项目1项、海外及港澳学者合作研究基金1项、创新研究群体延续资助1项；中国科学院项目百人1项，中国科学院创新方向性项目2项，先导性专项课题4项。2011年植物所到位经费2.12亿元，实际留所经费1.62亿元。发表论文366篇，其中SCI论文231篇，有152篇发表在学科前30%的SCI刊物上，影响因子在9.0以上的11篇，5.0以上的32篇，2.0以上的154篇；出版专著17部；授权专利22项。

2012年，植物所在研项目（课题）共320项（新增160项）。其中包括，973和国家重大科学研究计划项目2项、课题15项（新增1项），863课题1项（新增1项），国家科技条件平台项目1项（新增1项）。中国科学院战略性先导科技专项课题3项。国家自然科学基金重大项目1项、创新群体1项（新增1项）、重大国际合作研究项目1项（新增1项）、重点项目7项（新增2项）、面上项目122项（新增44项）、青年项目45项（新增15项）、国家杰出青年科学基金项目4项（新增2项）、重大研究计划重点项目1项（新增1项）；中国科学院战略性先导专项3项，中国科学院重点国际合作项目2项，其它国际合作项目19项（新增8项）；院地合作项目4项，其它横向项目32项（新增15项）。到位经费1.95亿元，实际留所经费1.58亿元。发表论文416篇，其中SCI论文280篇，有184篇发表在学科前30%的SCI刊物上，影响因子9.0以上的7篇，5.0以上的45篇，3.0以上的118篇；出版专著10部；授权专利48项。

2013年，植物所在研项目（课题）共471项（新增220项）。其中，承担973和国家重大科学研究计划项目3项（新增1项）、课题19项（新增5项），863课题1项，国家科技基础性工作专项2项（新增2项），科技支撑课题2项，科技基础条件平台项目1项（新增1项）；承担国家自然科学基金重点项目6项（新增1项）、面上项目123项（新增44项）、青年项目45项（新增16项）、国家杰出青年科学基金项目3项（新增1项）、重大研究计划重点项目2项（新增1项）、重大项目1项、创新群体1项、重大国际合作研究项目2项（新增1项）；承担中国科学院战略性先导科技专项项目1项，中国科学院重点国际合作项目2项，其它国际合作项目23项（新增12项）；院地合作项目8项（新增4项），其它横向项目116项（新增96项）。2013年，植物所到位经费2.38亿元，实际留所经费1.87亿元。发表论文457篇，其中SCI收录期刊发表论文328篇，有285篇发表在领域前30%的SCI刊物上，作为第一作者单位发表影响因子8.0以上的20篇，5.0以上的58篇，3.0以上的150篇；出版专著3部；授权专利56项。

2014年，植物所共有在研项目377项（包括新增项目213项）。其中，承担973和国家重大科学研究计划项目3项（新增1项）、课题18项（新增5项），863课题1项，国家科技基础性工作专项2项（新增2项），科技支撑课题2项，科技基础条件平台项目1项；承担国家自然科学基金重点项目9项（新增4项）、面上项目128项（新增46项）、青年项目62项（新增30项）、国家杰出青年科学基金项目3项（新增1项）、优秀青年基金3项（新增2项）、特殊学科点建设项目1项（新增1项）、重大研究计划重点项目2项、创新群体1项、重大国际合作研究项目2项（新增1项）、海外及港澳学者合作研究1项、其他基金项目12项（新增5项）；承担其他部委项目10项（新增4项）；承担中国科学院战略性先导科技专项项目1项，院重点部署项目3项，主持院STS项目1项（新增1项中国科学院国科学院重点国际合作项目4项（新增2项），其它国际合作项目18项（新增8项）；院地合作项目8项（新增4项），其它横向项目116项（新增96项）。2014年，植物所到位经费2.56亿元，实际留所经费1.88亿元。发表论文562篇，其中SCI收录期刊发表论文365篇，有230篇发表在领域前30%的SCI刊物上，作为第一作者单位发表影响因子8.0以上的15篇，5.0-8.0的22篇，3.0以上的135篇；出版专著8部；授权专利41项；获国家自然科学奖二等奖1项。

JIPB由中国科学院主管、中国科学院植物研究所和中国植物学会共同主办的植物学综合性国际英文学术期刊。2012年SCI影响因子为3.75，排在国际植物生物学非综述类期刊的第12名，位居国际该领域期刊的前11%，在所有 SCI收录的151种中国科技期刊中位于第7名。JIPB被SCI，BA和PubMed等67个国际重要检索机构收录；拥有14,300余家订阅机构，订户遍及全球多个国家和地区；每年全文下载量接近20万次。

2013年入选中国国家新闻出版广电总局 “全国百强科技期刊”；2012年获中国科协 “优秀国际科技期刊奖” 二等奖，被CNKI等三个机构授予“中国最具国际影响力学术期刊”称号；2006年—2011年获中国科协精品科技期刊A类资助；2005年、2007年、2009年—2012年获中国科学院出版基金资助；2001—2012年获国家自然科学基金重点学术期刊专项基金资助； 2009年获 “新中国60年有影响力的期刊” 称号；2006年获百种中国杰出学术期刊； 2005年获第三届国家期刊奖提名奖、百种中国杰出学术期刊；2004年获百种中国杰出学术期刊；2003年获百种中国杰出学术期刊；2002年获第二届国家期刊奖百种重点期刊、百种中国杰出学术期刊；1999年获首届国家期刊奖。

《植物分类学报》是中国生物学科历史最悠久的核心期刊，代表了中国植物分类学领域的最高学术水平。

2003年被世界著名检索机构ISI数据库收录，入编其产品SCIE和CC/AB&ES。2008年原拉丁刊名Acta Phytotaxonomica Sinica改为英文名Journal of Systematics and Evolution，自2009年始改为英文刊，并与国际出版机构Wiley-Blackwell合作出版，采用ScholarOne的Manuscript Central在线投稿、审稿系统。

自2010年至2013年的影响因子分别 为0.880、1.295、1.596、1.851。2012年入选“中国最具国际影响力学术期刊”。

《Journal of Plant Ecology》是中国植物学会和中国科学院植物研究所主办的一本反映植物生态学领域及相关交叉学科最新研究进展的全英文期刊，双月刊，创刊于2008年。

以发表符合当前国际生态学研究前沿的原始创新性论文为主，同时发表有新观点的代表国际植物生态学研究前沿和动态的综述。

被SCI、BA等17个国际知名数据库所收录，2013年JCR最新发布的JPE影响因子为1.355，在SCI收录的195种植物学期刊中位列第93位；在SCI收录的136种生态学期刊中位列第89位；在中国大陆被SCI收录的151种期刊中位列第30位。

2012年获中国科协中国科技期刊国际影响力提升计划——优秀国际科技期刊三等奖。

由中国科学院植物研究所和中国植物学会主办、中国科学院主管的中文生态学期刊。月刊，大16开本（A4幅），全铜版纸印刷。刊登内容涉及植物学、生态学、农学、林学、地理学、土壤学及气象学等多个学科，主要发表植物生态学及其相关领域的高水平创新性原始研究论文，包括以植物与环境关系为内核的生态学基础研究、应用基础研究和应用研究等方面的内容。注重发表有新观点的植物生态学及其相关领域的高水平综述文章、新的方法与技术、植物生态学相关基础资料，并设有论坛栏目,对植物生态学及其相关领域的重要科技问题开展学术讨论。

被BIOSIS、美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、Ecological Abstracts、Advances in Ecology、AGRIS International、CNKI、中国科学引文数据库等中国国内外几十种重要检索系统和数据库收录。

反映中国生物多样性研究和发展水平的、中国国内生物学领域公认的高水平学术刊物。

由中国科学院植物研究所和中国植物学会主办的中文版综合性学术期刊。

反映中国植物科学领域科学家最新研究成果（新发现和新方法等）、系统评述国际研究热点（新理论、新发展），刊登涵盖植物科学各领域（包括农学、林学和园艺学等）具有重要学术价值的创造性的研究成果。栏目设置包括研究论文、研究报告、研究快报、技术方法、特邀综述和专题论坛。

是全国优秀中文期刊、中国自然科学核心期刊和《中文核心期刊要目总览》核心期刊。被中国国内外多家著名检索系统收录，中国国内数据库包括：中国学术期刊（光盘版）、万方网络资源系统（网络版）、CSCD、CSTPCD、CNKI和CAJCED；中国之外数据库包括:：《英联邦农业文摘》（CABABSTRACTS）和联合国粮农组织情报系统《国际农业引文索引》（AGRIS INTERNATIONAL）。

获中国科学院优秀期刊三等奖（2000年）、新闻出版总署中国期刊方阵“双效期刊”（2001年）和第六届中国科协期刊优秀学术论文三等奖（2008年）。2009年，入选中国科协精品期刊示范项目。2012年，本刊被评为百种中国杰出学术期刊。

由中国科学院植物研究所、中国植物学会、高等教育出版主办，传递与生命相关的科学信息，普及与生命相关的科学知识，报道与生命相关的科学事件。主要栏目有封面故事、生命科学、生命自然、生命健康。

2018年10月，被评为全国中小学生研学实践教育基地。

2022年2月11日，入选2022年北京市科普基地拟命名名单。

2022年11月，入选2021-2025年度第一批补充认定的全国科普教育基地。

2023年5月，入选2023年科学家精神教育基地。

截至2014年底，植物研究所设有2个一级学科博士后流动站、4个二级学科博士研究生培养点、4个二级学科硕士研究生培养点。在学研究生651人（其中硕士生307人、博士生344人）、在站博士后54人、留学生11人。

博士后流动站：生物学、生态学

博士研究生培养点：植物学、发育生物学、生态学、细胞生物学

硕士研究生培养点：植物学、发育生物学、细胞生物学、生态学

专业硕士研究生培养点：生物工程

植物研究所2013年录取博士研究生34人，硕士研究生88人，推荐免试研究生23人；2014年录取博士研究生50人，硕士研究生86人，推荐免试研究生19人；2015年录取博士研究生63人，硕士研究生62人，推荐免试研究生49人。2016年攻读博士学位研究生计划招生90人，攻读硕士学位研究生计划招生110人，推荐免试研究生50人。

2001年，“园艺专业果树学骨干课程模块式组合教学体系及系列教材建设”项目获北京市教学成果一等奖、“创建‘两段式’'培养模式和‘三平台’课程体系，培养高素质的农业本科人才”项目获国家教学成果一等奖。

标识中三角形的两条边代表宏观与微观两个研究领域，底边代表大地。

中间的植物代表植物所由4个研究中心和一个植物园组成，三角形及其中植株代表高新技术。

植物研究所开办研究组长沙龙、红叶论坛、青年学术沙龙、学风宣传周等活动，进行学术学风文化创建。

通过成立研究生会，组织研究生开展以科研、学术为主的各种活动，定期举办学术讨论会和编辑不定期刊物，开展多种形式的文体活动。

2024年7月，中科院植物所接到举报，反映有机构以中科院植物所名义组织野外科考、暑假研学等活动。经查，事情起因为守望地球（北京）环境科技有限公司擅自使用植物所、中国科学院生物多样性委员会和植物所古田山森林生物多样性与气候变化研究站（现为“浙江钱江源森林生物多样性国家野外科学观测研究站”）的名称进行商业活动宣传，该宣传行为误导、欺骗社会公众，严重侵犯了中科院植物所的名称权等相关权利。