中国科学院生态环境研究中心始建于1975年，时为国务院批准成立的中国科学院环境化学研究所，于1986年与中国科学院生态学研究中心（筹）合并建立中国科学院生态环境研究中心，是中国第一个全国性生态环境领域综合性研究机构。

1972年斯德哥尔摩全球环境会议后，1973年中国召开了第一次全国环境保护工作会议，环境问题开始纳入政府日程。

1974年8月，中国科学院将《关于筹建环境化学研究所的请示》的文件上报国务院。

1975年1月，国务院同意在怀柔化学研究所二部的基础上，筹建环境化学研究所。3月，以原中国科学院化学研究所二部（包括十四室一部分）和有机分析室一部分研究力量为基础（共约250多人），正式宣布组建中国科学院环境化学所，所址北京市怀柔县雁栖湖畔。

1985年10月，中国科学院决定在环境化学研究所、生态学研究中心筹备组的基础上，建立中国科学院生态环境研究中心。

1986年8月，中国科学院同意将中国科学院环境化学研究所与生态学研究中心筹备组合并，建立中国科学院生态环境研究中心。9月，经中国科学院有关部门和院领导批准，中国科学院环境评价部成立，院内29个研究所参加，其建制归属生态环境研究中心。

1989年，中国科学院生态环境研究中心与清华大学、北京大学、北京师范大学共同建立环境模拟与污染控制国家重点联合实验室。

1993年，中国科学院生态环境研究中心化工楼落成，环境水化学国家重点实验室迁入。

1996年5月，中国科学院和国家环境保护总局协商决定，正式签署对生态环境研究中心实行中国科学院、国家环境保护总局双重领导协议书（期限10年）。

1997年，中国科学院生态环境研究中心进入中国科学院首批科研基地型试点研究所。

1998年，中国科学院生态环境研究中心进入中国科学院北京地球科学基地。

1999年11月，中国科学院成立中国科学院国情研究中心，其行政管理和后勤服务由生态环境研究中心负责。

2013年5月，依托环境水质学国家重点实验室公用仪器平台建立的中国科学院生态环境研究中心水质分析实验室通过国家认证认可监督管理委员会计量认证扩项评审。10月，城市与区域生态国家重点实验室安西极旱荒漠国家级保护区野外科研基地在甘肃瓜州正式挂牌成立。

2014年2月，中国科学院生态环境研究中心与亚热带农业生态研究所在长沙签订野外台站生态环境研究合作框架协议。

2016年8月，由中国科学院生态环境研究中心牵头建设的高浓度难降解有机废水处理技术国家工程实验室通过评审。

2017年6月，中国科学院生态环境研究中心与云南大学举行合作协议签约仪式。

2020年3月，中国科学院生态环境研究中心“北京怀柔综合性国家科学中心协同创新交叉研究平台-环境污染物识别与控制协同创新平台项目”奠基暨开工仪式在密云举行。

截至2020年底，生态环境中心共有在职职工501人，包括中国科学院院士3人、中国工程院院士3人、发展中国家科学院院士4人，研究员及正高级工程技术人员121人、副研究员及高级工程技术人员128人，国家杰出青年科学基金获得者22人，优秀青年科学基金获得者26人。生态环境中心组建有“持久性有毒污染物形态、环境过程与毒理效应”、“环境微界面过程与污染控制”、“土地利用与生态过程”、“持久性有毒污染物的环境过程与毒理效应”和“环境污染与健康危害”等5个国家基金委创新研究群体和“持久性有毒化学污染物”、“生态系统过程与服务”、“饮用水安全”等3个中国科学院创新研究团队。

中国科学院院士（3人）：傅伯杰、江桂斌、朱永官

中国工程院院士（3人）：贺泓、曲久辉、汤鸿霄

国家杰出青年科学基金获得者（在职，21人）：陈利顶、傅伯杰、贺泓、江桂斌、景传勇、刘景富、刘倩、刘思金、强志民、曲久辉、汪海林、王爱杰、王东升、王亚韡、杨敏、张长斌、赵斌、郑华、朱本占、朱永官、史建波

国家优秀青年科学基金获得者（在职，25人）：王亚韡、赵旭、赵强、祝贵兵、张丽梅、刘倩、史建波、宋茂勇、张长斌、周伟奇、廖春阳、阴永光、阮挺、战爱斌、冯晓明、曲广波、史亚利、刘睿、高光耀、马庆鑫、徐明、孙然好、傅建捷、刘刚、马金珠

根据2021年8月官网显示，中国科学院生态环境研究中心有3个国家重点实验室、1个国家工程实验室、2个中国科学院重点实验室、5个所级实验室及若干支撑服务系统平台；其中二恶英实验室为国家实验室认可和计量认证实验室、水质分析实验室为计量认证实验室。生态环境中心是农业部批准的农药登记残留试验认证单位之一。

国家重点实验室（3个）：环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室（环境模拟与污染控制国家重点联合实验室）、城市与区域生态国家重点实验室

中国科学院重点实验室（2个）：中国科学院环境生物技术重点实验室、中国科学院饮用水科学与技术重点实验室

所级实验室（5个）：大气环境与污染控制实验室、环境纳米技术与健康效应重点实验室、水污染控制实验室、土壤环境科学与技术实验室、固体废弃物处理与资源化实验室等5个所级实验室。

支撑服务系统平台（5个）：文献信息中心（下设7个期刊编辑部）、大型分析仪器实验室、二恶英实验室、水质分析实验室和北京城市生态系统研究站

根据2020年6月官网显示，环境化学与生态毒理学国家重点实验室公用仪器设备主要包括各类荧光显微镜、高速离心机，凝胶成像系统，膜片钳系统，酶标仪，荧光PCR，激光共聚焦显微镜和基质辅助激光解析飞行时间生物质谱等，主要用于生物细胞微观结构成像和生物大分子的质量测定等。

根据2020年6月官网显示，城市与区域生态国家重点实验室设备有总有机碳总氮分析仪、元素分析仪、激光粒度仪、气相色谱仪、连续流动分析仪、全谱直读等离子体发射光谱仪、离子色谱、连续光谱酶标仪、气质联用仪、全自动快速微生物鉴定仪、微波消解萃取系统、快速熔剂萃取仪、混合研磨仪、高纯锗伽马能谱仪、高速冷离心机、液相色谱串联质谱联用仪、气相色谱仪（温室气体）、荧光定量PCR系统、稳定同位素比质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪等设备。

根据2020年8月官网显示，中国科学院生态环境研究中心文献信息中心提供中国知网CNKI、CSCD、NSTL、Frontiers in China、ACS、ASM、RSC、SpringerLink期刊、ScienceDirect 、易阅通、RSC英国皇家化学学会电子图书 、Wiley电子图书、Elsevier电子图书、Springer电子图书、方正中文电子图书等数据库的使用。

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心分别与美国、德国、日本、英国、加拿大、瑞士、瑞典、荷兰和澳大利亚等国的有关大学和研究所建立了科研合作关系，共建联合研究所和实验室，进行学术交流和联合培养研究生。中心科研人员多人次在国际组织、专业委员会和国际期刊中任职。依托生态环境中心建设有联合国环境规划署持久性有机污染物分析示范实验室、住房和城乡建设部农村污水处理技术北方研究中心。生态环境中心与南澳大利亚水务公司共建国际水科学技术中心、与挪威共建中-挪环境综合研究中心、与横滨国立大学联合共建亚洲国际生态环境安全管理中国联合研究中心、与中国节能投资公司共建中环水务-生态环境中心联合研发基地、与盐城共建先进环保技术研究院。

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心是中国生态学学会、国际环境问题科学委员会中国委员会的挂靠单位。国际刊物Environmental Science & Technology Asian office、国际水协会IWA Beijing office、国际环境问题科学委员会SCOPE Beijing office设在生态环境中心。

2022年9月21日，“生态系统固碳增汇研究”项目在京启动。该项目由中国林科院林业科技信息研究所牵头，中国科学院生态环境研究中心等6家单位共同承担。

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心先后承担并完成了大量国家、中国科学院、省部级研究项目以及国际合作项目，取得的重要科技成果达400余项，出版专著、译著170余册，已获授权专利770余件，获国家级奖项44项，中国科学院及省部级以上的科研成果奖共220余项。

《生态学报》是由中国科学技术协会主管，中国生态学学会、中国科学院生态环境研究中心主办的生态学高级专业学术期刊，半月刊，创刊于1981年。主要报道生态学重要基础理论和应用研究的原始创新性科研成果。所刊文章类型有:研究综述;研究论文;学术信息与动态;生态学新理论、新方法、新技术介绍;新书评介及开放实验室介绍等。

《环境科学学报》于1981年创刊，月刊，由中国科学院生态环境研究中心主办，科学出版社出版。主要报道环境化学、环境地学、环境毒理与风险评价、环境修复技术与原理、环境污染治理技术原理与工艺、环境经济与环境管理等。被收录为国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）、“中国学术期刊综合评价数据库”统计刊源，被“中国期刊全文数据库”《中国生物学文摘》“中国生物学文献数据库”“中文科技期刊数据库”美国《Chemical Abstracts》（《化学文摘》）、联合国《Aquatic Sciences and Fisheries Abstracts》(水科学和渔业文摘)等收录。

《环境科学》由中国科学院主管，中国科学院生态环境研究中心主办，创刊于1976年，为月刊，入选中共中央宣传部、新闻出版总署和科学技术部的“中国期刊方阵”，并得到中国科学院科学出版基金的资助。被工程索引Ei；美国医学索引MEDLINE；美国化学文摘CA；俄罗斯文摘杂志AJ；美国生物学文摘预评BP；美国医学索引IM；日本科学技术情报中心数据库JICST；英国动物学记录ZR；剑桥科学文摘（CSA）：Environmental Sciences；剑桥科学文摘（CSA）：Pollution Abstracts；剑桥科学文摘（CSA）：Life Sciences Abstracts等；国内的检索系统有中国科技论文统计与引文数据库（CSTPCD）；中文科技期刊数据库（维普）；中国期刊全文数据库（CNKI）；数字化期刊全文数据库（万方）；中国科学引文数据库(CSCD)；中国生物学文摘等收录。

《环境工程学报》是由中国科学院主管、中国科学院生态环境研究中心主办的环境工程类学术期刊（月刊），1980年创刊。被日本科学技术振兴机构数据库（JST）、荷兰爱思唯尔（Elsevier）公司的Scopus全学科引文文摘数据库、中国科技论文统计与引文数据库（CSTPCD）、中国期刊全文数据库（CJFD）以及中国科学引文数据库（CSCD）等收录。

《环境化学》是中国科学院生态环境研究中心主办的学术性刊物，为中文核心期刊，1982年创刊。被美国的《化学文摘》《中国化学文摘》《中国化工文摘》《中国环境科学文摘》《中国医学文摘（卫生学分册）》《中国科技论文与引文数据库》和《中国科学引文数据库》《中文科技期刊数据库》“万方数据－数字化期刊群”等收录。

《生态毒理学报》由中国科学院生态环境研究中心主办，于2006年创刊。被《中文核心期刊要目总览》（中文核心期刊）；《中国科技论文统计源期刊》（中国科技核心期刊, CSTPCD）；中国科学引文数据库(CSCD)；中国期刊全文数据库（CJFD）；《中国学术期刊文摘》；美国化学会的化学文摘（Chemical Abstracts）；美国生物学文摘（Biological Abstracts）；美国生物学文摘预评（BIOSIS Previews）；美国乌利希国际期刊指南（Ulrich's Periodicals Directory）；英国动物学记录（Zoological Record）等检索机构收录。

《环境科学学报（英文版）》创刊于1989年，由中国科学院生态环境科学研究中心主办，由埃尔塞维尔出版社和科学出版社联合出版，发表关于新出现的污染物的命运和行为、人类对环境的影响、人类接触环境污染物及其对健康的影响以及环境补救和管理的重要而新颖的研究。被SCI、EI、CC(ISI)、CA(美国)、PA(美国)、BIOIS(美国)、BA(美国)、联邦自然保护署(德国)、NAL系列(美国)、ASTA(美国)、IRSD(日本)、WCS of EST(列支敦士登)、Geo文摘(英国)和中国科学与技术索引期刊摘要(中国)等收录。

《生态系统健康与持续性》创刊于2015年，是由美国生态学会和中国生态学会共同出版的全球生态期刊。自2017年5月起，中国科学院生态环境科学研究中心参与出版。期刊主要发表关于生态学和可持续性科学的进展、全球环境变化如何影响生态系统健康、人类活动的变化如何影响生态系统状况以及将生态科学应用于决策以促进可持续发展的基于系统的方法。期刊被DOAJ、Zoological Record、BIOSIS Previews、Science Citation Index Expanded、Scopus等收录。

1999年，中国科学院生态环境研究中心进入中国科学院知识创新工程试点。

2010年，在知识创新工程综合评估中，中国科学院生态环境研究中心获资环领域并列第一，研究所综合评估A，被评为中国科学院A类研究所。

2011年，中国科学院生态环境研究中心第一批进入中国科学院“创新2020”和“一三五”发展规划择优支持研究所。

2014年1月，中国科学院生态环境研究中心POPs研究集体获“2013年中国科学院杰出成就奖”。

2017年1月，中国科学院生态环境研究中心获中国科学院“十二五”人事人才工作先进单位称号。4月，北京城市生态系统研究站被评为“2016年度全国优秀科普教育基地”。

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心设有二级学科博士点6个、二级学科硕士点6个以及专业学位硕士点2个，设有环境科学与工程、生物学、生态学博士后流动站。同时，中心还是中国科学院博士研究生教育重点培养基地，“环境科学与工程”流动站为全国优秀博士后流动站。

学术学位授权二级学科博士点（6个）：环境科学、环境工程、生态学、分析化学、有机化学、环境经济与环境管理

学术学位授权二级学科硕士点（6个）：环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理学、分析化学、有机化学

专业学位二级学科硕士点（2个）：环境工程、生物工程

博士后科研流动站（3个）：环境科学与工程、生物学、生态学

截至2020年底，中国科学院生态环境研究中心共有在学研究生887人，其中硕士生337人、博士生550人；在站博士后226人。自1978年恢复招收研究生以来，共招收研究生2808名，其中硕士研究生1105名，博士研究生1703名；已授硕士学位640人，授博士学位1168人。

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心共招收博士后研究人员518名，在站192名，并且与国内15个工作站联合招收博士后研究人46名。

根据2021年9月官网显示，中国科学院生态环境研究中心自1990年以来，4名毕业生荣获全国“百篇”优秀博士学位论文，6名毕业生获中国科学院院长奖学金特别奖，13名毕业生入选中国科学院优秀博士学位论文，共有282人次获得中国科学院院长奖学金和冠名奖等各类奖励和表彰。

中国科学院生态环境研究中心标识由生态和环境两个英文单词的首字母“E”组合、变形而成。寓意为我中心生态与环境两大研究方向和内容，二者之间相互渗透，高度融合，共同发展。绿叶象征着我中心具有强大的生命力，蓬勃向上，茁壮成长；同时，也表明绿色事业——保护生态环境是神圣的使命、责任和义务。

为国家生态环境安全和可持续发展提供科技支撑。

围绕“国家生态环境安全与可持续发展”战略定位，充分发挥生态环境中心环境科学、环境工程和生态学三大学科的综合优势，围绕国家环境保护与生态建设的重大科技需求和国际生态环境科学前沿，不断突破支撑国家生态安全、环境健康和可持续发展的重大科学理论与关键技术，为中国生态文明建设、环境治理与生态保护、实现人与自然的和谐发展做出基础性、战略性、前瞻性创新贡献，努力成为中国生态环境科学应用基础研究和技术创新基地、高级专门人才培养基地，国内领先、国际一流的生态环境综合性研究机构。