中国科学院系统控制重点实验室，依托中国科学院数学与系统科学研究院。系统控制重点实验室于1994年底经中国科学院批准正式成立。其前身是1962年3月成立于中国科学院数学研究所的控制理论研究室，是我国最早从事现代控制理论研究的单位。
四十多年来，该室无论在控制理论基础方面还是在国防和工程、经济等应用方面都取得了令世人瞩目的成就，为奠定和推动我国的现代控制理论及应用做出了重要贡献，成为国内系统与控制理论研究的中心；先后获得
国家自然科学奖3项，国家科技进步特等奖1项，以及20多项院、部级奖。
该室的宗旨是充分发挥多学科交叉与综合的优势，以科学、工程和经济建设中的实际问题为背景，开展系统控制中带有普遍性的关键科学问题研究，做出国际领先或先进水平的工作，并针对具有重要意义的实际项目, 取得应用成果, 同时广泛开展国内外学术交流和合作，培养年轻的学科带头人，为我国科学事业的发展和现代化建设作出应有的贡献。
研究方向有随机系统、
非线性系统、分布参数系统、
离散事件动态系统、参数估计、适应控制、鲁棒控制、网络信息论、复杂系统与复杂性、量子控制、先进控制系统设计方法研究等。本着开拓创新、与时俱进的精神，许多新的生长点不断涌现。
该室现有成员17人，其中包括
中国科学院院士 2人、美国
IEEE Fellow 3人、IFAC Fellow 3人，博士导师9人、国家杰出青年基金获得者6人、中国科学院百人计划入选者2人，另有国际著名学术期刊编委6人次，国内学术期刊主编、副主编、编委20余人次。多人在国内外重要学术组织兼职，先后任
国际自动控制联合会(IFAC)执委会委员, IFAC技术局委员, IFAC系统与信号协调委员会主席, IFAC奖励委员会委员及YAP奖评选委员会主席, IFAC建模、辨识与信号处理委员会主席,
中国自动化学会理事长, 中国自动化学会副理事长, 中国数学会副理事长, 中国工业与应用数学会副理事长, 国家科学技术奖励委员会委员, 中国科学院信息技术科学部常委等。 每年平均有在读硕士生10多名, 在读博士生20多名, 在站博士后近10名。先后培养了众多博士生和硕士生。多数就职于国内科研院所、大学或高技术公司。谢惠民、刘嘉荃、
郭雷等曾被国家教委和
国务院学位委员会亚特兰大大学的王沅教授曾获美国总统青年研究奖。
该室与国内外控制界保持着广泛而又密切的联系，平均每年有30余人次出境参加学术会议或进行合作研究，也有30多人次境外知名学者来该室进行学术交流。20多年来，该室组织召开了20多届(每年一次)
中国控制会议及一系列重要国际性学术会议，如1988年的IFAC系统辨识与参数估计会议、1999年的第14届IFAC世界大会、2002年的中美双边复杂系统的干预和适应研讨会、2004年的
香山科学会议“系统、控制与复杂性科学”以及2003年以来的三届中瑞控制会议和两届中日双边控制研讨会等。
我国的强大和经济的腾飞依赖于科技进步，而科技发展的一个重要标志是现代自动化水平的提高。作为自动化的重要基础，控制理论正面临新的挑战和机遇。在新的世纪，系统控制重点实验室将以过去的成绩为新的起点，在攀登新的系统控制科学高峰的同时，面向经济建设，为祖国的科学与社会的发展做出更大的贡献。