中国科学院藏药研究重点实验室是中国科学院下属研究机构。
中国科学院藏药研究重点实验室，是依托中国科学院西北高原生物研究所，在中国科学院西北高原生物研究所藏药资源与新药研究重点实验室的基础上筹建，于2013年4月，经中国科学院院长办公会议批准成立院重点实验室。
中国科学院藏药研究重点实验室以“青海省青藏高原特色生物资源研究重点实验室”、“青海省藏药研究重点实验室”、“青海省藏药药理学与安全性评价重点实验室”等研究平台为基础，解决藏药研究及可持续利用共性关键科学技术问题。
中国科学院藏药研究重点实验室的建立，为国内外科学家开展藏药研究提供了良好的工作平台，对藏药人才培养、技术交流、藏药整体理论的提升及我国民族医药的发展提供了技术支撑。