研究边缘海地质，不仅关系着全球
构造动力学、海洋矿产资源开发与利用、海洋环境保护和全球气候系统等重大科学问题，而且也关系 着维护国家权益、发展海洋经济、促进自然和社会可持续发展等一系列重大国家需求。
立足南海，跨越深蓝，抓住国家重大需求，尽早进入国家与中科院的“十三五”规划以及“一带一路”规划，打造精锐队伍，取得科研突破，为成为具有特色、国际知名和不可替代性的实验室而努力。
学术发展上，推动多学科研究，促进海洋尖端技术研发与科学的互动，以“两洋一海”（太平洋、印度洋、中国海）为主战场，研究边缘海-大洋地质与环境演化过程及其资源效应，研究方向：
在2002年，原
广州地球化学研究所和原中国科学院长沙大地构造研究所整合，还补充了大地构造等方面的研究骨干，在地球化学和大地构造研 究方面已具有很强的学术优势。
中国科学院南海海洋研究所长期从事南海海洋地质和地球物理研究，有先进的海洋探测仪器设备和调查船，积累有丰富的研究资料，在海洋地球物理探测、古海洋学等方面取得一系列重要成果。
“边缘海地质国家重点实验室”的研究方向是：以南海及其邻区为主要研究对象，重点开展边缘海及邻区海-陆岩石圈地质过程与动力学、边缘海 油气等矿产资源形成与分布规律、边缘海演化与环境效应以及
海洋地球化学现代过程和机理研究。
在10年左右，成为在边缘海地质研究领域国内一流、国际上有重要影响的实验室，从而更好地为推动
地球动力学、油气与水合物等资源的成藏规律 和全球变化理论的发展，为国家发展海洋经济和维护海洋权益做出基础性、前瞻性和战略性的重大贡献。