中国科学院院长奖分为院长特别奖和院长优秀奖两种，是
研究生奖学金中含金量最高的奖项之一。每年评出特别奖获得者不超过50名，优秀奖获得者不超过300名。院长特别奖奖金为10000元/人；院长优秀奖奖金为5000元/人。院长特别奖的指导教师，院将授予“中国科学院优秀导师”称号，奖励10000元/人。凡是在中国科学院所属单位（
中国科学院研究生院）攻读学位的在学研究生，在科学研究和技术创新方面做出突出成绩，均可申请中国科学院院长奖。
中科院研究生在学习期间，学业优异，在学习期间有较大的创造发明，取得的科研成果具有重要的学术价值，理论上有较重要创新或发展，或在技术上有较大的突破，取得显著的经济效益或社会效益；或在其他方面作出重要贡献，可授予院长特别奖。
中科院研究生在学习期间，成绩优秀，表现出较强的科研能力，科研成绩显著：在理论上有一定创新或发展，学习期间在国际、国内重要学术刊物上发表过高水平的论文；或在技术上有较重要的革新，取得较好的经济效益、社会效益或具有重要的应用前景；或参加过重大科研项目，做出了较大的贡献，可授予院长优秀奖。