中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地主要通过建设信息化基础设施实现生物、生态要素监测的数字化、网络化、自动化。在青海湖区域部署包括网络视频监控设备、无线传感器网络等新型的监测设备，对青海湖区域生物多样性、植被类型及分布、湿地类型及分布、土地利用、水生生物、水质、气象、水文、疫源疫病等多方面进行综合监测调查。

（1）环境与资源观测：青海湖周边地区，进行环境的综合调查，包括湿地的基本特征（地理位置、海拔、面积、水源状况）、地貌类型与水文地质环境调查、湿地生态系统健康状况、人为干扰强度、区域土地利用结构调查、区域社会经济状况调查等。

　　（2）气象观测：常规气象要素观测，包括空气温湿度、风速和风向、地温、大气总辐射、大气降水及蒸发量等。

　　（3）水文水质观测：观测地下水位、水体物理性质、化学性质、观测进入青海湖的主要河流的流量、含沙量及水的理化性质。

　　（4）植物群落观测：观测植被组成、群落结构、生物量、物种多样性变化等。

　　（5）动物群落观测：主要观测鸟类种类、种群数量、迁徙情况、活动规律等；鱼类的种群数量、活动规律、繁殖情况；青海湖周边地区野生动物的种类、种群数量、活动规律等。

中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地于2007年正式成立。2014年成为中国高寒区地表过程与环境观测研究网络成员台站。联合科研基地位于青海湖国家级自然保护区，依托青海湖国家级自然保护区管理局开展工作。

中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地定期开展针对野生动物和生态环境的巡湖调查。为开展青海湖流域的大气环境过程及其与自然和人类活动的协同、青海湖水文与水体的演变过程、青海湖陆地生态系统演变过程、珍稀野生动物保护与研究以及青海湖流域的适宜性管理对策等研究工作提供支撑。