中国自然科学社是1928年7月改名的社团，前身是成立于1927年9月9日的华西自然科学社，又称“中华自然科学社”。

前身是成立于1927年9月9日的华西自然科学社，同年同月同日经南京市党部审核许可发证和市社会局立案。1928年7月改名为中国自然科学社。

该社不定期召开年会，以社务会为最高领导机关。杜长明、吴有训等曾任社长。社务会下设总务、组织、学术、社会服务4个部。发行人杨允植，总编辑高行健，推广部主任朱炳海，编辑股朱秀峰，发行股查雅德，出版股杨浪明。社员有432人。先后在海内外设立了28个分社，并设数学、物理、化学、地学、生物、心理、农学、工学、医学等9个学科组。

社址设在南京蓁巷4号。

先后编辑出版了《科学世界》月刊、《围防科学丛书》、《科学文汇》、《中国科学》、《科学副刊》、《科学新闻》等刊物，组织科学讲演、科学展览、编辑中学理科课本、科学考察等工作。1949年7月，该社与东北自然科学研究会、中国科学T作者协会及中国科学社联合发起，组织中华全国自然科学工作者代表大会筹备会。1950年8月代表大会召开后，成立了科联和科普两个团体，中国自然科学社遂于1951年4月宣布结束。