戏曲研究所原为1951年4月3日成立的中国戏曲研究院，梅兰芳任院长，程砚秋、罗合如、马少波、张庚、周信芳、晏甬、任桂林先后任副院长。建院时毛泽东主席题词“百花齐放，推陈出新”并题写了院名。

1959年成立中国戏曲学院，张庚为院长，晏甬为副院长，1961年中国戏曲研究院归属中国戏曲学院，成为戏曲研究所，郭汉城任所长。1964年恢复中国戏曲研究院建制。1976年文化部筹建文学艺术研究所，调集原中国戏曲研究院部分人员组成戏曲研究室。1979年组建为文化部文学艺术研究院戏曲研究所，1980年改称中国艺术研究院戏曲研究所。

首任所长郭汉城，副所长马远、俞琳；二任所长苏国荣，副所长余从、陈义敏、廖奔；三任所长余从，副所长王安魁、刘沪生、黄在敏；四任所长王安魁，副所长黄在敏、刘彦君、刘祯；现任所长刘祯，副所长刘文峰、贾志刚。

戏曲研究所是国务院批准的我国首批博士学位授予点，建所以来，集中了一大批国内外知名的戏曲研究专家，如张庚、郭汉城、傅惜华、黄芝岗、戴不凡、何为、余从、刘念兹、龚和德、傅晓航、颜长珂、黄克保、萧晴、傅雪漪、苏国荣、吴乾浩、涂沛、薛若琳、王安魁、周育德、刘荫柏、孙崇涛、吴毓华、黄在敏、谭志湘、栾冠桦、张树英、张民、徐城北、廖奔等。

该所组织和承担了多项国家艺术学科重点科研项目，编撰出版了《中国戏曲志》、《中国戏曲音乐集成》、《中国戏曲通史》、《中国戏曲通论》、《戏曲史论丛书》等在国内外有重要影响的戏曲专著。出版的个人学术著作达100多种，包括《戏曲时空论》、《戏曲人类学论稿》、《元杂剧中佛教戏研究》、《中国民间目连文化》等，其中不少获得国家、部级和院级奖励。2001年5月，由该所具体负责制作文本的“昆曲艺术”被联合国教科文组织列为首批“人类口头和非物质遗产代表作”。该所正在进行的国家重点科研项目有《昆曲艺术大典》、《京剧艺术大典》、《中国近现代戏曲史》、《全国戏曲剧种剧团现状调查》等。

戏曲研究所下设戏曲史、戏曲文学、舞台艺术、少数民族戏曲、中国京剧研究中心5个研究室和《戏曲研究》编辑部、办公室。在职人员29人，有高级职称者10人，其中博士生导师4人。