藏医药研究所是中国藏学研究中心建立的第五个研究所，成立于2004年。藏医药研究所的工作职责、内设机构和人员配置方案。

承担国家及中心重点科研课题任务。进行藏医基础理论、藏医古文献和藏医医疗技术研究，推动藏医医疗技术的标准化、规范化和医疗体系的现代化；负责研究和开发藏药秘方、配方；改革医药传统剂型；加强藏医临床疗效的实验和研究；研究推动藏医药和西药，藏西药与我国其他民族医药的有机结合；组织协调全国藏医药研究力量，积极开展我国藏医药研究工作对外交流适宜，积极宣传党和政府有关藏医药的方针政策，宣传解放以来我国藏医药事业取得的成就。

藏医药研究所内设藏医研究室、藏药研究室、文献研究室，其职责是：

（一）藏医研究室职责

负责藏医学基础理论的研究；负责藏医学医疗技术的研究；运用和借鉴现代医学技术，推动藏医诊断和治疗技术规范化和医疗体系的现代化；推动藏药治疗疑难病症独特的疗效。

（二）藏药研究室职责

负责藏药药理、药性的研究，改革藏药剂型，科学研发和配制藏药，使藏药逐步实现标准化，规范化；开展藏区藏药资源的调查，建立藏药材培植基地，为临床及患者提供经国家批准的新特藏药。

（三）文献研究室职责

负责收集整理古代、现代藏医药学文献资料，藏医器械、传统藏药炮制加工用具并进行研究与创新；负责编目藏医药大全，藏医药图谱；负责管理和利用传统藏医档案。